有關2月4日環保團體回應「環保署烏山頭水庫水源污染疑慮」及「大台南飲用水安全嗎？」兩篇新聞稿，其中針對監測井不符「地下水水質監測井設置規範」乙節，環保署表示，環保團體未於事先告知環保署或臺南縣環境保護局之情況下，自行設置12口監測井。由環保團體提供環保署3口監測井構造紀錄表顯示，該3口井均未依「地下水水質監測井設置規範」之規定於濾料頂部填入至少20公分厚之0.1-0.2公釐石英細砂後，再填實60公分厚之1/4-1/2英吋直徑丸狀或扁粒狀皂土粒，並於皂土層至地表間以波特蘭一號水泥填封。此外，該署人員勘查監測井地下水採樣時，亦發現井管最上端填封物質為砂狀物質，而非波特蘭一號水泥。在環保機關無法到場確認施工品質之情形下，環保署依前述之監測井構造紀錄表及現場勘查結果，判定環保團體設置之監測井不符「地下水水質監測井設置規範」，其相關地下水質檢測結果僅具參考價值，無法直接與「地下水污染監測基準」及「地下水污染管制標準」比較。
此外，環保團體將多口監測井地下水之氨氮、氯鹽、鐵、錳、砷、總硬度、總溶解固體、總有機碳等檢測結果與第一類地下水污染監測基準比較，即有誤導之嫌。經烏山頭水庫飲用水水源水質保護區之劃定機關台南縣政府查證該區域22口監測井（含環保團體自行設置之12口監測井及永揚公司自行設置之10口井）中，僅174縣道以南之2口監測井（編號SK-5及SK-6）位於烏山頭水庫飲用水水源水質保護區範圍之中，適用第一類地下水污染監測基準，其餘20口皆適用第二類地下水污染監測基準。環保團體將檢測結果一概與第一類地下水污染監測基準比較是不正確之論述。
依環保署98年12月調查結果顯示，20口適用第二類地下水污染監測基準之監測井，氨氮之濃度範圍為0.58~49.3 mg/L，有20口超過第二類地下水污染監測基準（最高者為基準的197倍）；氯鹽之濃度範圍為4.80~24,000 mg/L，有14口超過第二類地下水污染監測基準（最高者為基準的38倍）；鐵之濃度範圍為0.029~0.788 mg/L，皆未超過第二類地下水污染監測基準；錳之濃度範圍為N.D.~6.70 mg/L，有9口超過第二類地下水污染監測基準（最高者為基準的27倍）；砷之濃度範圍為N.D.~0.0664 mg/L，皆未超過第二類地下水污染監測基準；總硬度之濃度範圍為83.8~5,990 mg/L，有11口超過第二類地下水污染監測基準（最高者為基準的8倍）；總溶解固體之濃度範圍為1,150~37,900 mg/L，有19口超過第二類地下水污染監測基準（最高者為基準的30倍）；總有機碳之濃度範圍為0.4~115 mg/L，有3口超過第二類地下水污染監測基準（最高者為基準的12倍）。
另外，2口適用第一類地下水污染監測基準之監測井，氨氮之濃度範圍為16.1~27 mg/L，均超過第一類地下水污染監測基準（最高者為基準的540倍）；氯鹽之濃度範圍為4,300~9,800 mg/L，皆超過第一類地下水污染監測基準（最高者為基準的78倍）；鐵之濃度範圍為0.025~0.034 mg/L，皆未超過第一類地下水污染監測基準（最高者為基準的4倍）；錳之濃度範圍為0.228~0.235 mg/L，皆超過第一類地下水污染監測基準（最高者為基準的9倍）；砷之濃度範圍為0.0065~0.0092 mg/L，皆未超過第一類地下水污染監測基準；總硬度之濃度範圍為1,810~3,250 mg/L，皆超過第一類地下水污染監測基準（最高者為基準的22倍）；總溶解固體之濃度範圍為8,820~16,900 mg/L，均超過第一類地下水污染監測基準（最高者為基準的68倍）；總有機碳之濃度範圍為1.6~3 mg/L，僅1口些微超過第一類地下水污染監測基準。
環保署表示，環保團體將林鳳國小區域性監測井10年來33次砷檢測結果之平均值，與該署98年12月單次砷檢測結果進行比較，並不恰當。以該國小98年10月砷檢出濃度（0.0139 mg/L）而言，其與174縣道以南檢出之最高濃度0.0565 mg/L屬同一數量級，並非相差10倍以上，且該監測井（編號SK-1）砷濃度並未超過其所適用之第二類地下水污染監測基準（0.25 mg/L）。
有關環保團體提出應修正或增列管制標準值之建議，環保署表示，氨氮、氯鹽、鐵、錳、總硬度、總溶解固體、總有機碳等多屬影響感官或適飲性項目，對人體不具有直接明顯之危害風險，故無需訂定對應之管制標準。
另該署訂有氯甲烷及甲苯之地下水污染管制標準（即容許量），並非環保團體所稱「不能有」。且該署98年12月於174縣道以南3口監測井檢出之濃度均遠低於第一類地下水污染管制標準，另1口則未檢出任何有機污染管制項目。
環保署最後強調，為達成不同程度之環境保護目標，該署訂有不同適用範圍之污染管制限值，依目前水質檢測結果顯示，民眾可安心使用。