有關媒體報導雲林縣擬參照國外綠色稅制來針對煉油廠及煉鋼廠徵收綠色稅，臺灣團結聯盟尹伶瑛立法委員於95年3月9日上午，在立法院衛環委員會中質詢環保署張署長之看法，張國龍署長以經濟誘因原理-污染者付費之觀點表達支持理念，但張署長強調雲林縣針對特定產業徵收綠色稅係為特別稅，涉及中央與地方之稅制分配，非屬環保署之業務執掌與職責範圍，環保署主要任務係針對各種污染源採取行政管制與經濟誘因手段，以降低污染排放，維護我國環境品質。
雲林縣政府所研擬之「雲林縣地方稅徵收自治條例(草案)」，根據報載其徵稅方向係跟隨中央規劃碳稅制度據以實施，環保署表示在環保署所提報行政院之「溫室氣體減量法(草案) 」中特別說明，我國政府須在被國際指定減量，且於各種行政措施均無法達成減量目標時才予開徵碳稅，同時由於徵收碳稅涉及人民權利須另行立法後才可實施，目前國際上也僅有北歐等先進國家實施徵收碳稅，考量國內經濟發展與國際公約趨勢，現階段我國並未有規劃徵收碳稅之計畫。
環保署以營建工程空污費為例，係由中央立法，地方政府徵收，專款專用於地方空氣污染防制，因此地方政府徵收任何相關之環境稅，均須與中央相關法令有完整的配套方可實施，以達到環境與經濟雙贏之永續發展目標。