為遏止智慧型業者以合法掩護非法偷排廢水，環保署啟動「污染源深度查核計畫」。新的稽查方式由一日稽查多家改為多日稽查一家，並由稽查結果(管末)改為稽查原因。環保人員透過深度查核的稽查手段，循著事業內部「資料流、質量流及金錢流」的「三流」軌跡，讓不法事證無所遁形。對於查有不法業者，環保署也將審酌業者違反行政法上義務行為「應受責難程度」、「所生影響」及「因違反行政法上義務所得之不法利益」，以及「考量受處罰者之資力」，加重裁罰業者不當利得。
環保署表示，深度查核重點主要分三階段：(一)基本資料查核--出發前即在辦公室完成受查單位之基本資料核對及工作底稿作業。(二)設施操作查核包括：進出廠之廢水量、用電量、加藥量、現場廢水處理各單元操作及書面資料比對等。(三)設施功能查核—於前二項發現有不符情況時，依據查核項目進行相關之功能查核。日前環境督察總隊即依此計畫，派員進駐雲林縣一家製革廠查核一星期，查獲業者長期未妥善操作廢水處理設施，甚至以僱用外勞手動開關控制廢水排放方式，欺瞞環保稽查人員，排放含高濃度污染物廢水的相關事證，經推算平均一年至少省下4百萬元廢水處理費用，環保署目前正審酌業者應受責難程度、污染環境影響、所得不法利益及資力等因素後，加重裁罰業者未妥善操作廢水的不當利得，金額將不受水污染防治法罰鍰上限60萬元的限制。
環保署表示，部分不肖業者深知不處理廢水的不當利得，高於水污染防治法的處罰上限，也清楚埋設暗管偷排廢水處罰很重，故不埋暗管，而在廢水處理流程上動手腳，廢水仍然經由廢水處理設施，最後由放流口排出，此種污染環境的行為，不但不符合環境正義，也影響企業公平競爭與健全發展。民國95年2月5日施行之行政罰法第18條及20條規定，已能有效補救環保法規處分金額上限的限制，給予智慧型違規者有效的制裁。環保署特別呼籲業者應妥善操作廢水處理設施，千萬別心存僥倖，如有設施功能不足者，亦應儘速完成改善，以免遭加重裁處不當利得而得不償失。