為配合行政院東部聯合服務中心成立及兼負地區環境污染稽查督察任務，以維護花東地區好山好水藍天綠地優質環境，環保署環境督察總隊成立東部分隊，辦公地點暫設於台東市博愛路119號環保署台東工作站，俟花蓮環保科技園區落成後再移駐該園區內。
東部分隊以花蓮、台東為主要服務地區，編組為2車組，目前先成立1個車組，執行勤務並受北區環境督察大隊指揮監督與考核；其主要任務為就近迅捷處理行政院東部聯合服務中心交辦有關環保的為民服務案件並兼處理有關公害陳情、公害糾紛、民眾舉發及其他污染稽查督察事項，並針對區域特性加強污染稽查督察與有效打擊進而遏止環保犯罪案件之發生。
環保署特別呼籲，該地區從事不法破壞生態的不肖之徒，如非法盜濫採砂石業、廢棄物胡亂傾倒及肆意露天燃燒行為等能知所收斂，切勿以身試法，否則勤查重罰嚴正執法，絕不寬貸；更盼望在地樸實鄉親，多給予該分隊協助，使有台灣最後淨土美名的花東地區環境品質再提昇。