據環保署表示，自從改依實際的排放量徵收工廠空氣污染防制費後，經過多年來努力的宣導及輔導，工廠申報空氣污染防制費的錯誤率，已有很明顯的下降，由90年度的38%降至94年度的17%，足足減少21%，顯示大部分工廠已掌握申報之方法及技巧；但為了再降低申報錯誤率，環保署呼籲工廠在鍋爐前端加裝油錶，以加強計算污染物活動強度正確性，減少申報錯誤率。
環保署為提昇工廠申報空氣污染防制費的正確率，除每年分別於北、中、南區舉辦多場宣導說明會外，並提供免費電話專線及專屬網站等諮詢服務，以協助工廠申報空氣污染防制費。依94年度工廠申報空氣污染防制費資料顯示，在申報錯誤案件中，經審查後需補繳金額達5,763萬餘元，錯誤原因主要是計算或費率選用錯誤等人為疏忽所造成，因此環保署再次提醒業者，應加強注意申報規定事項，同時建議工廠採用網路方式申報空氣污染防制費，將可澈底解決人為疏失的因素。
除人為疏忽造成申報錯誤外，約有19.8%錯誤案件，計460件，係因工廠進行煙道檢測時，無法正確取得燃料使用量，導致計算污染物活動強度值與理論值差異過大，而被環保署重新核算或改用公告排放係數代替後，需補繳差額總計2,367萬餘元。為了業者自身的權益，環保署強烈建議工廠在鍋爐前端加裝油錶等計量儀器，以避免因無法取得正確之燃料使用量，而造成污染物活動強度計算錯誤，導致需補繳空氣污染防制費。
為了減少重複發生人為疏忽或污染物活動強度計算錯誤等申報問題，環保署將針對工廠申報空氣污染防制費之錯誤原因進行提醒改進，如果工廠業者仍然重複出現相同之申報錯誤情形時，已有虛偽申報之嫌，將不排除對該業者依空氣污染防制法第47條規定：「依本法規定有申報義務，明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰金。」進行處分。
工廠對申報空氣污染防制費如有任何疑問，除了可利用環保署空氣污染防制費申報專屬網頁查詢相關規定外(http://www.epa.gov.tw)，亦可與環保署分別於台北縣及高雄市成立的免費諮詢輔導中心聯絡，將可獲得完整的協助。諮詢輔導中心地址、電話及傳真如下：
(1)北部：台北縣板橋市三民路二段37號12樓之1
電話：(02)2963-1668
傳真電話：(02)2961-5818
(2)南部：高雄市前鎮區中山二路260號9樓
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傳真電話：(07)537-7267