為鼓勵以再利用方式解決事業廢棄物問題，並達永續利用，經濟部、農委會及衛生署等單位，已依廢棄物清理法第三十九條規定，陸續訂定發布所管事業的事業廢棄物再利用相關管理辦法，共計公告四十九項可再利用的事業廢棄物種類及管理方式，而環保署同時配合修正網路申報管理規定，加強後續流向的追蹤管理，以達到積極開放及有效管理的目標。
環保署表示：對於失去原效用但仍可提供其他事業做為原料、材料、燃料等予以利用的廢棄物，應進入回收體系予以資源利用。依九十年委辦計畫的統計資料，八十九年度工業廢棄物的產量約為一千九百多萬公噸／年，資源回收再利用量約為一千一百三十六萬公噸／年，回收再利用率將近六十％，尚有四十％的廢棄物尚未進入再利用體系，該署推估仍有十％以上之廢棄物，屬於可推動以再利用方式予以處理。惟該署考量各種行業及其再利用廢棄物之性質，尚不易掌握，經考量如授權由中央目的事業主管機關來主政時，將可依其所管理的產業類別，訂定相關的再利用管理辦法予以規範，對於推動以再利用方式處理事業廢棄物將大有助益。故於修正廢棄物清理法時，乃將此構想納入草案中修正。
環保署說：九十年十月二十四日修正發布「廢棄物清理法」第三十九條的規定，即明訂事業廢棄物的再利用，依中央目的事業主管機關規定辦理，對於事業廢棄物再利用行為，改由各中央目的事業主管機關主政。截至目前為止，各中央目的事業主管機關，已陸續訂定發布相關管理辦法，包括經濟部九十一年一月九日發布「經濟部事業廢棄物再利用管理辦法」、行政院農業委員會九十一年四月十五日發布「農業事業廢棄物再利用管理辦法」及行政院衛生署九十一年五月三日發布「醫療事業廢棄物再利用管理辦法」，經濟部並陸續公告「經濟部事業廢棄物再利用種類及管理方式」計四十三項，依產業別區分，計傳統產業三十八項、石化業三項（編號三十二：廢鈷錳觸媒、編號三十三：鈷錳塵灰、編號三十九：廢沸石觸媒）、電子業及半導體業二項（編號三十四：印刷電路板製造業廢酸性蝕刻液、編號三十五：金屬基本工業及表面處理業製造業廢酸洗液）。另對於農業事業廢棄物部分，農委會已公告禽畜糞、農業污泥等六項的「農業事業廢棄物再利用種類及管理方式」。目前內政部亦積極研訂相關的再利用管理辦法，以推動營建廢棄物予以資源再利用。
依據環保署事業廢棄物管制中心申報資料，國內各事業所申報的事業廢棄物清理方式中，再利用方式佔約六至七成。因此為有效追蹤事業廢棄物再利用流向，防止不肖業者假藉廢棄物再利用的名義而行隨意棄置的事實，環保署於九十一年四月十二日依廢棄物清理法公布「公告應以網路傳輸方式申報廢棄物之產出、貯存、清除、處理、再利用及輸出情形之事業」及五月二日公布「公告以網路傳輸方式申報廢棄物之產出、貯存、清除、處理、再利用及輸出情形之申報格式、項目、內容及頻率」，擴大應上網申報的對象至三萬家，並規範接受事業廢棄物進行再利用的機構，亦列入應主動上網申報的範圍。同時藉由全面的法規宣導說明會及管制中心計畫派駐地方人力協助清查列管對象等方法，以提升申報率至八十％。此外，成立「事業廢棄物流向追蹤及查核專案小組」定期開會討論，制訂管制執行方案，及檢討執行成效；並由事業廢棄物管制中心及各區環境督察大隊針對事業廢棄物再利用申報資料，勾稽查核。
環保署表示：將以分階段方式辦理事業廢棄物再利用流向加強追蹤及稽查管理。第一階段將從六月起開始實施，稽查對象包括：以個案許可再利用的事業與再利用機構、其許可逾期而未辦理展延繼續運作者及再利用後產品無市場通路等，並重點查核再利用機構的操作技術能力、再利用的數量、用途、銷售紀錄、貯存、清理方式及相關操作檢測紀錄等．．．．。
環保署強調：除積極開放並鼓勵事業以再利用的方式處理其產生的廢棄物外，以有效的管理再利用機構實際處理能力與實際處理情形，並掌握其廢棄物產出現況及廢棄物產出的質、量及其流向，對於業者藉再利用的名義行隨意棄置行為的想法，應有遏阻的功效及避免有非法清運的情形發生。同時對於以事業廢棄物為原料、材料所產製的產品，該署亦將積極協助目的事業主管機關建立再生產品品質及技術規範，俾推動後續市場通路，以建立完整健全的廢棄物再利用管道。