在90年10月以前，「廢棄物清理法」對於事業採自行清除、處理事業廢棄物者，並未訂定一套管理辦法及相關許可制度，造成政府各單位管理不易。有鑒於此，環保署於90年10月24日修正廢棄物清理法，並依該法於92年4月30日公告「事業自行清除處理事業廢棄物許可管理辦法」，希望能規範採自行清除、處理事業廢棄物的事業，使其確實符合廢棄物相關法規規定，提昇業者廢棄物清理能力及加強污染防治工作。
環保署在91年6月7日公告二批需設置專業技術人員之事業名單及對象，這些事業大多是國內大型公民營事業機構，具有一定的經濟規模，所產生的事業廢棄物，除了產出量大以外，部分事業亦產生有害事業廢棄物，故環保署規定這些業者需設置乙級以上之廢棄物「處理技術員」，而這些事業如需自行清運自身之事業廢棄物或自行處理事業廢棄物，就必需設置甲級處理技術員，並依照「事業自行清除處理事業廢棄物許可管理辦法」，向縣市環保局提出申請，並經許可後，才可自行清除或處理事業自身之事業廢棄物。
環保署表示，目前向縣市環保局申請自行清除處理的事業，共計39家，這些事業是否都能依照所核定的項目去清除處理，有無違法收受清除處理其他事業的廢棄物的情事，都是各界所重視的課題，所以環保署在日前召開「環保大執法」會議，把以上重點列為稽查事項，即日起將由該署環境督察總隊和各縣市環保局進行稽查。
環保署呼籲事業應檢視自身的事業廢棄物清理行為，如果未依許可文件所核定的事項清除處理事業廢棄物，依廢棄物清理法第28條第2項及第55條的規定，將處新臺幣6000元以上3萬元以下罰鍰，並限期令其改善，屆期仍未完成改善者，得按日連續處罰。