針對台塑仁武廠污染案件，環保署表示已就污染洩漏、農漁牧調查、健康照護、鄰近工業區地下水調查及公害糾紛處理等議題，召開7次台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠污染案件專案小組研商會，以明確掌握相關機關執行進度。
環保署協助高雄縣政府自99年3月起針對仁武廠外標準監測井及民井，進行地下水污染調查。環保署說明為保障附近居民用水安全，已針對廠外周圍75口民井進行調查(包括由村長指定之六村代表性民井)，僅1口民井地下水水質超過第2類地下水污染管制標準，2口民井超過第1類地下水污染管制標準。其中編號C05民井之氯乙烯濃度為0.0352 mg/L(超過第2類地下水污染管制標準0.02 mg/L)，該民井抽水用途為冷卻用水，並未飲用，高雄縣政府將禁止該用戶抽用地下水。由於經訪查瞭解該地點曾為洗衣店，不排除曾使用相關含氯有機溶劑，故該府後續將再設置地下水標準監測井查證確認污染來源。另編號L01及D03民井則分別有四氯乙烯濃度0.0248 mg/L(超第1類地下水污染管制標準0.005mg/L)及氯乙烯濃度0.00412 mg/L(超過第1類污染管制標準0.002 mg/L)情形，經訪查瞭解該2口民井用戶均為工廠，民井抽水用途為洗滌廁所、碗筷等，均未飲用。惟為保障民眾用水安全，該府仍將告知用戶勿再將地下水作為民生用途，並將持續追蹤其可能污染來源。
廠外5口標準監測井中，除編號MW07監測井之1,2-二氯乙烷濃度(0.355 mg/L~0.344 mg/L)超過地下水污染管制標準（0.050 mg/L），另外4口監測井VOC則均未檢出。依現況瞭解以及台塑公司陳述，該監測井雖鄰近仁武廠早期為閒置1,2-二氯乙烷熱交換器堆置區，惟該監測井所在地號曾遭棄置廢棄物，因現階段調查數據有限，故不排除有其他污染來源，為進一步蒐集相關事證，除需補充調查確認前述廢棄物與地下水污染之關係外，高雄縣政府亦將要求台塑公司於後續污染調查評估計畫中釐清可能污染來源。本案有關廠外地下水檢測資料及廠內應變措施成效，已於5月12日提報土壤及地下水污染擴散與整治專家小組會議研判後續處理方式。
另外，環保署為瞭解VCM廠及HCFC廠現場水污染防治、廢棄物管理、毒性化學物質運作及空氣污染防制等情況，自98年12月23日迄今執行個案稽查共30場次，聯合稽查2場次，初判廠方製程運作正常，尚無空氣污染逸散、水污染、廢棄物及毒化物運作繼續洩漏情形。
環保署表示，自查證確認仁武廠土壤及地下水遭受嚴重污染後，已由高雄縣政府依「土壤及地下水污染整治法」(以下簡稱土污法)第7條第5項規定，命該廠採取應變必要措施，包括污染源清查、高污染區改善及地下水阻絕措施等，環保機關為評估該公司應變必要措施實施成效，針對去年11月在VCM廠內測得最高濃度位置旁，另設地下水標準監測井採樣查核，檢測分析結果顯示污染物濃度已明顯下降。
另外，經濟部工業局亦針對鄰近仁武廠之仁武、大社工業區進行地下水採樣分析，檢測結果均低於地下水污染管制標準。
農業機關配合進行鄰近地區農漁牧調查，廠區周圍及橋頭鄉2420地號附近水稻重金屬含量均低於植物毒害限值，清查後亦確認廠區外周圍1公里內無漁業及畜牧行為，仁武地區農地未引灌後勁溪水源；而高雄縣政府針對後勁溪於楠梓區取水口灌渠：仕隆圳及援中港圳引灌至橋頭鄉灌溉1,390公頃農地，取入水口2處農地土壤、後勁溪12處底泥、廠區外8處農地、4處灌溉用地下水採樣分析，均未檢測出揮發性有機物。
此外，台塑公司同意提供中華村、竹後村、八卦村、五和村、後安村、仁武村等六個村之村民免費健康檢查，高雄縣政府衛生局已訂於5月8日至6月6日每週六、日，於六村活動中心由長庚醫院派醫護人員進行檢查。至於廠區內勞工安全、健康部分，勞委會南區勞動檢查所已派員實施檢查，未發現有職業災害發生，相關查核缺失已於4月26日複查確認該廠完成改善；而該廠於98年辦理勞工健康檢查並未發現現場作業勞工有職業性因素引起之健康異常情形。
至於橋頭鄉地區水稻枯黃案件，經農委會藥物毒物試驗所分析後研判與台塑仁武廠無相關性。目前高雄縣政府已成立本案公害糾紛紓處小組，後續民眾如有相關公害陳情事項仍可循公害糾紛處理程序，申請調處排解糾紛。
環保署表示，仁武廠已於2月25日由高雄縣政府公告為土壤、地下水污染控制場址，並於4月28日由該署公告為污染整治場址，該府於5月7日依土污法第14條第1項規定，命台塑公司於6月21日前提出土壤及地下水污染調查及評估計畫送專家小組審核。
有關台塑仁武廠污染案件後續處理，環保署將持續督導高雄縣政府依法要求台塑公司參酌高雄縣政府成立之土壤及地下水污染擴散與整治專家小組會議決議要求加速後續之調查評估與緊急應變作業，其調查評估計畫應涵蓋廠內外污染來源釐清、地下水文及地質調查及地下水污染與後勁溪污染關連性；期間除應持續進行應變必要措施，應再加強對放流水之自主管理及提出放流水VOC削減措施修正計畫。
環保署最後強調，環保機關對於該廠代為支出的費用，亦將依土污法規定向台塑公司求償。