家庭垃圾以焚化處理為現代先進國家普遍採行的方式，焚化過程中所產生之含有毒成分的飛灰，過去多以固化後掩埋的方式處置，但仍有增加掩埋處理之容積與須長期監控等問題。環保署為徹底解決飛灰處理的問題，蒐集先進國家成功的實例及實施之多年經驗，熔融技術實為一可完全破壞、封存有害物質之安全、可行技術，故環保署認為可引進該技術建立示範廠並於國內發展該項廢棄物處理的高級技術。
台南市早於民國八十八年爭取配合該署政策興建飛灰熔融廠，並於飛灰熔融廠完工運轉前，飛灰暫不採固化處理，而以暫存方式貯存暫存倉庫內，待飛灰熔融廠完工後再進行妥善處置。因此，環保署以數倍於補助其他縣市興建飛灰固化廠之經費，補助台南市九千三百餘萬元興建一座設計容量足供使用近四年的飛灰暫存倉庫，並補助購置太空包等飛灰打包裝備經費一百三十萬元，期能以更先進、更符合「零廢棄、零掩埋」目標的熔融技術，協助台南市徹底解決飛灰的處理問題，並為台灣的環保科技開拓新的領域。環保署乃報行政院核定「焚化灰渣資源化建廠計畫」，決定於台南市興建焚化飛灰熔融示範廠，利用高溫熔融處理技術將焚化灰渣減容、去毒以及資源化。
環保署為促成本案，已完成台南市焚化飛灰熔融廠的環境影響評估及建廠規劃作業。該署除將依環評法規定於建廠決標後舉辦公開說明會外，並於去年即針對相關規劃事宜，多次邀請學者專家研商討論，今年三月間又舉辦了「垃圾焚化飛灰資源化處理再利用技術論壇」，共有二百餘位相關學者專家與會。環保署於這段期間積極協助台南市積極進行民意及對外之溝通
在持續溝通協調過程中，台南市的飛灰倉庫雖於去年元月即完工，但該市並未妥善管理使用，飛灰散置於倉庫內，環保署乃督促台南市將原散置之飛灰以太空包打包堆置，以增加儲存期限並避免污染物飛散之虞。
垃圾清理依法雖屬地方政府事務，然環保署對各縣市垃圾之清除處理，不論技術輔導、經費補助、民意溝通等，歷年來均一貫持續協助地方政府解決問題，各級政府亦積極配合環保政策全力打拚，垃圾暴露街頭的景像已不復見。在過去四年期間，飛灰熔融相關技術之交流後，台南市政府應已了解飛灰熔融技術為先進可靠之技術，因此環保署表示，台南市應儘速決定該市飛灰處理方式。若台南市決定依原計畫採熔融方式處理飛灰，對於台南市所提出民意溝通問題，該署將全力配合排除障礙促成建廠；若台南市放棄興建，該署基於預算須於法定年度內執行，將立即改由其他正積極爭取之縣市興建飛灰熔融示範廠；至於台南市垃圾處理問題，該署仍本著一貫之立場，積極協助解決。