環保署推動焚化廠興建採公有民營及民有民營（BOT/BOO）2種方式辦理，公有民營方式係由環保署負責興建13座大型焚化廠，全數可於今年內完工，均交由縣市政府管理及營運。環保署表示早期工程合約對興建過程中所發生合約爭議，均採仲裁方式，僅「八里、新竹」、「基隆、屏東」、「新店、樹林」及「高雄大發」等4項合約辦理相關扣款及罰款，累計之款項達19億 1705萬元並繳庫，廠商因不服提起仲裁所累計退還之款項共計18億6530萬元，尚無報載慘賠16億元情形。
而民有民營（BOT/BOO）方式係由縣市政府自行與焚化廠興建廠商簽約辦理建廠工作，因該署同時積極推動垃圾減量、資源回收等工作頗具成效，陸續有臺南縣七股、臺中縣大安、桃園縣北區、彰化縣鹿港、台中市第二廠、台北縣第四廠、南投縣、花蓮縣及澎湖縣等焚化廠取消建廠規劃。
至新竹縣竹北廠因廠商認為甲方應辦事項未完成，已片面行文新竹縣政府提出解約，並要求賠償，將由新竹縣政府依相關規定辦理。