第2階段垃圾強制分類政策於4月1日正式開罰。機關、學校、社區及家戶廢棄物排出時未分為「資源」、「廚餘」及「垃圾」三大類，將可處新台幣1,200元至6,000元之罰鍰。各縣市環保局及鄉鎮市公所將加派稽查人力投入稽查工作，並以機關、學校、及社區列為優先稽查對象。
環保署表示，95年4月1至2日全國各縣市共稽查7萬2,212件，其中合格件數6萬4,878件、勸導件數7,296件，合格率89.84％，不聽勸導遭告發處分有38件，其中台北縣28件、彰化縣5件、桃園縣4件及高雄市1件，處分對象機關、學校、社區有27件，沿線收集之民眾11件，因4月2日大部分鄉鎮市清潔隊停收垃圾，處分時間皆為4月1日。
環保署指出，民眾將垃圾交給清潔隊員或將垃圾直接丟進垃圾車前，如果被發現沒有依規定分三類，稽查人員仍會先勸導要求當場改善，重新分類後才能丟進垃圾車。只有對於少數執意不願配合分類而排出的民眾，才會藉由稽查處分方式，導正其配合進行垃圾分類工作。而機關、學校及社區無論由清潔隊或委託公民營廢棄物清除、清理機構收集仍應符合分類規定，稽查人員將於最終垃圾貯存點進行破袋稽查，如有違反分類規定者，將直接處分機關、學校及社區管理委員會。
環保署強調，處罰不是主要目的，而是希望透過宣導及稽查方式，促使民眾養成資源回收的好習慣，從源頭減量，資源循環再利用。「垃圾強制分類」不但可以節省社會成本，也有助於避免二次公害，這不只是要建立全民共識，更重要的是能成為民眾的生活習慣。民眾如有資源回收相關問題，可撥環保署資源回收免付費專線電話0800－085717（諧音：您幫我清一清）洽詢。