環保署為配合廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法修正，於98年7月22日修正發布「廢棄物輸入輸出許可審查作業要點」，其中增列廢棄物輸入許可及專案申請之審查作業程序及相關表單，該要點詳載於環保署網站(http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx)，民眾可自行至該網站查閱。
環保署表示，為務實廢棄物輸入輸出管理，提昇相關申請審查作業效能，經全盤檢討後，修正發布「廢棄物輸入輸出許可審查作業要點」，計四條，修正重點說明如下：
一、配合管理辦法修正，新增輸入及專案許可申請程序，爰修正名稱為「廢棄物輸入輸出許可審查作業要點」。
二、申請案審查程序：原僅規範輸出許可程序，新增列輸入許可及專案審查之管理。
三、國外機關函覆說明：原規範輸出許可申請案疑義案件之查詢要件及接受國相關機關疑義回覆時間，新增列輸入許可審查之管理。
四、審查原則：原僅規範輸出許可申請案之審查原則，配合管理辦法修正，新增輸入許可及專案申請案之廢棄物種類、數量及許可期限之同意及核准事項審查原則。
五、另首次申請規定、檢具書件內容、申請案補正程序、申請案疑義釐清及審查期間等規定，已納入廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法中，無須重覆規定，故已刪除。