因應春節期間國外返台人潮增加及氣溫驟降可能引發下一波SARS疫情，環保署已通知各環保局連絡窗口，比照上一波作業模式，作好萬全準備，妥善清理產出的廢棄物。
上一波SARS疫情發生時，為協助衛生單位有效控制疫情，避免病毒因廢棄物排出過程擴散，環保署要求各縣市環保單位負責居家隔離住戶垃圾收集及清運工作，除建立完整作業程序，加強居家隔離住戶垃圾消毒收集清運作業外，並緊急協助調度各類防疫裝備供各縣市使用，總計上一波共計動員近一萬名環保人力，完成5萬7千戶次收集，合計收集約150公噸居家隔離垃圾，送至合法感染性事業廢棄物高溫焚化爐焚化處理，有效控制疫情擴散。
環保署表示，目前國內合格感染性事業廢棄物處理設施每日處理量達132公噸以上，以上次疫情單日產出最大量75噸估算，足以處理無問題。至於上一波疫情發生時，曾發生全國口罩等防疫裝備不足情形，環保署已依據行政院SARS特別預算，補助各縣市添購足夠裝備，以因應下一波疫情發生。
雖然上一波疫情，各級環保機關對SARS廢棄物清除處理已有經驗，但仍不敢掉以輕心，環保署已通知各縣市事先妥為準備。環保署也呼籲民眾，春節期間因大部分縣市停收垃圾，如萬一有SARS疫情發生，而有部分民眾需居家隔離時，所產出的垃圾請另外以紅色塑膠袋收集並經常噴消毒水消毒（消毒水以家用漂白水稀釋約20倍使用），再通知當地清潔隊俾利安排前往收集，不要隨一般垃圾排出。