針對「觀音污水廠功能不足以行政罰法追繳榮民工程股份有限公司不法利益案」於本(100)年1月19日經法院判決環保署敗訴乙事，環保署表示尊重法院判決，但將依法提出上訴。
環保署指出，榮工公司於93年4月起，接受經濟部工業局委託代操作營運觀音工業區聯合污水處理廠，但因處理容量功能不足，自94年9月起埋設管線長期將未妥善處理之廢水繞流偷排。該署鑑於榮工公司不法利益高於水污染防治法的處罰上限，不合乎環境公平正義，亦影響企業公平競爭與健全發展，爰依95年施行之「行政罰法」第20條規定，追繳榮工公司不法利益1億3,051萬餘元。
環保署表示，榮工公司受委託期間從事之違法行為，已使觀音工業區服務中心因相同事實，遭該署以水污染防治法進行裁處，且該處分已經臺北高等行政法院另案判決該署勝訴，故該署認為本案相關違法事實已無疑義。而環保署分析榮工公司案判決書內容，發現法院對於該署眾多答辯內容均未說明不予採納之理由。另相關判決理由亦有爭議，例如行政罰法第20條訂定之目的，應係避免有人因不法行為「實際受有利益」卻未被處罰之情形，故規定可用行政處分之方式去除不法利益，以維護社會之公平正義。環保署指出，本案榮工公司不法利益金額除繳交固定比例(4%)做為回饋金外，其餘部分實際均為該公司所收受，故該署依行政罰法第20條針對榮工公司及經濟部工業局「實際收受之不法利益」金額進行追繳，但法院判決中卻以經濟部工業局應負較大責任，故認定該署對榮工公司及經濟部工業局之追繳金額輕重失衡，似已混淆罰鍰與追繳不法利益行政處分之意義。
環保署重申，有關加重罰鍰並追繳不法利益，均係環境公平正義之展現，事業或污水下水道系統主動守法的重要誘因。本署將堅持中央環保主管機關之權責持續推動，以維護國人生活環境品質。