為加強全國工業區水污染管制，環保署於94年除持續針對工業區專用下水道系統辦理重點稽查專案計畫外，將於下半年起聘請專家學者與環保機關共同查核評比49處工業區下水道系統水污染防治成效，並要求地方環保局針對評比成績較差之工業區，嚴格追蹤督導其管理機構儘速改善。
環保署自93年度起對全國列管工業區污水下水道系統加強稽查管制，經統計，環保機關93年稽查工業區聯合污水處理廠及區內事業共2,219家次，告發處分142家次。另分析前述142家次違法原因，係以放流水超過放流水標準最為嚴重，佔46％；其次係違法繞流偷排，則佔42％。此顯示部分工業區管理機構未對自有污水處理廠及區內事業妥善管理，致放流水異常或偷排情形仍常發生，工業區下水道系統整體管理工作仍亟待強化。
環保署進一步表示，根據93年度稽查及違法情形檢討，94年特規劃「工業區污水下水道查核評比計畫」，將全國49處工業區依北、中、南區及廢水特性差異分為6組，於7月至10月間，邀請專家學者共同進行分組查核評比，評比項目暫定包含聯合污水處理廠廢水處理現況及流程（佔35﹪）、工業區管理單位管理制度（佔25﹪）、擴充處理容量及提昇處理能量之改善情形（25﹪）及其他（佔15﹪）等，藉以診斷各工業區問題，並進一步按其個別缺失，建立環保單位對工業區廢水處理之分級稽查管制制度。對成績優異之工業區，亦將頒發獎牌予以獎勵，最終評比結果將公布各界共同監督。
環保署強調，94年起針對工業區廢水處理將分三階段進行水污染管制。初期配合近期公布之「違反水污染防治法嚴重污染案件行政罰鍰裁量基準」，統計至4月份止，已完成稽查1,168家次，處分41家次。第二階段則是對工業區管理機構及其對下水道系統之管理進行查核評比，若現場查獲有違法情形者，將依法處分。第三階段則依據個別工業區評比結果，按優劣執行不同程度及頻率之稽查管制作業，對較差之工業區通令環保單位應嚴加督導至確實改善為止。相關結果亦將協調經濟部工業局及國科會等相關政府主管機關，共同監督工業區妥善管理其廢水處理與排放，提昇其水污染防治成效，使工業區下水道系統管理更上軌道。