土壤及地下水污染整治費(以下簡稱整治費)之徵收，為避免原料與產品重複課徵，乃有免徵比例之設計。查本案環保署當時核定台塑公司申請免徵比例，係因修法前後對於免徵比例計算及核定原則並無改變，爰依新修正收費辦法核定。惟本案既經高等行政法院判決，環保署本於「依法行政」之立場，將遵照高等行政法院之判決意旨，刻正重新依原有收費辦法審查台塑公司之免徵比例。
至於環保署於93年7月14日依法通知台塑公司補繳整治費3,877萬5,387元行政訴訟遭撤銷乙案，現因免徵比例之基礎處分之行政訴訟案已判決訴願決定及原處分均撤銷，則通知補繳之行政處分當然亦失其依據。該署於重新核定免徵比例後，自將另行核算台塑公司應繳整治費費額。