據報載行政院環保署執行的水源保護區養豬戶（場）依法拆除補償工作可申辦至十一月底，造成原未申辦的養豬戶誤認開放再申請，該署鄭重澄清該計畫之申辦期已於去（八十九）年十二月三十一日截止，逾期未申辦者，已不予受理。
環保署表示截至九十年十月十五日止，已有九七．六％養豬戶（場）完成拆除工作，八○％養豬戶（場）已領取補償費，尚未拆除之養豬戶有五十七家大型養豬場因規模較大，需較長時間遷移、拆除，專案延長至十一月底完成拆除。為確保已拆除者不再復養，及督促尚未拆除、未申辦者停止養豬行為，該署已成立前進指揮所，展開大規模稽查行動，以使高屏溪等五大流域水源水質澈底改善。