環保署於104年10月23日預告「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」修正草案，名稱修正為「水污染防治措施計畫及許可審查管理辦法」（以下簡稱本辦法），將廢（污）水污染物揭露及風險評估審查結果、復工計畫及許可申報資料公開等規定納入許可規範，並基於水體保護管制需求，增訂應特予保護農地之水體水質總量削減管制區污染源許可管理，及沼渣沼液作為農地肥分資源化管理規定。
本次修正係為因應104年2月4日修正公布水污染防治法之內容，配合於本辦法增訂中央主管機關公告指定事業應於申請變更水措計畫、排放許可證（文件）時揭露排放廢水所含污染物，風險評估及管理措施報告審核通過之污染物項目、排放濃度或總量限值應登載於水措計畫、排放許可證（文件），以及復工計畫、審查會議紀錄與水污染防治許可證（文件）資料公開之程序及內容等規定。
此外，基於降低廢水排入灌溉渠道造成農地污染之風險、減輕畜牧廢水污染之負荷，增訂應特予保護農地之水體水質總量削減管制區污染源許可分級管理，依總量管制區內水體水質狀況，以不得新增污染源或違規廢止許可證不得再核發之手段，管制區內排放量。另為增進畜牧糞尿資源化，畜牧糞尿經厭氧發酵產生之沼渣沼液全量作為農地肥分，由農業主管機關審查同意並向環保機關報備之畜牧業，得免依本法申請水措計畫及許可證（文件）。
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