針對坪林鄉公所於今日舉辦「公民投票」，以爭取將坪林行控中心專用道開放為一般交流道使用，環保署明確表達捍衛環評委員會所作結論，不受「公民投票」結果影響的決心。環保署表示，環評審查係專業審查，因此環保署將以確保大台北地區四百萬民眾飲水安全潔淨為最優先考量，對於坪林鄉民的訴求，該署將建請相關權責機關對當地居民給予合理之補償，以兼顧當地居民權益。
環保署表示，坪林北宜高速公路計畫於八十年有條件通過環境影響評估時，即已決定為避免妨害台北水源特定區水量之涵養、流通及水質污染，北宜高速公路不應設置坪林交流道。其後，交通部表示北宜高速公路需在該兩座長隧道間（坪林附近）設置管理中心及提供快速救護或緊急疏散之車輛專用匝道，但不設置一般交流道。環保署指出，目前設置之坪林行控中心專用道，坪林鄉民均可進出，且該專用道亦提供快速救護或緊急疏散之用，因此鄉民所稱無法利用北宜高速公路並不符事實。
然而因當地民眾不斷要求將該專用道申請變更為無任何管制之一般交流道使用，國工局於九十年四月及九十二年一月先後兩度提出「北宜高速公路坪林行控中心專用道開放為一般交流道環境影響差異分析報告」送環保署審查。但環評委員會專案小組認為，開放為一般交流道任由外地民眾自由進出坪林地區，遊客、車輛勢必遽增，屆時各種商業行為，包括餐廳、露營區等將到處林立，甚至形成濫墾、濫建，凡此均將成為污染源，對當地河川水質造成龐大負擔，翡翠水庫水質勢必惡化；而由於國工局所送資料及說明無法確定開放為一般交流道後是否足以維護水源水質，因此兩度均遭環保署環評委員會專案小組退回。
針對坪林鄉公所於今日舉辦「公民投票」，多數鄉民贊成將坪林行控中心專用道開放為一般交流道使用，環保署表示前述兩次審查中，環評委員會專案小組對於當地之民眾權益，已提出請相關權責機關對當地居民給予合理之補償，及請國工局評估以受益者付費回饋水源受限區住民損失等意見，換言之，已兼顧當地居民權益。環保署強調，環評審查為相當專業的審查，且為合議制，所作結論均為委員會之共同意見，因此該署將在確保大台北地區飲水安全潔淨之前提下，貫徹執行環評審查結論，絕不會受公投結果的影響。