莫拉克颱風過後，為防止居家或戶外積水容器孳生登革熱病媒蚊，環保署呼籲民眾應儘速檢查花瓶、水缸、水塔、冰箱除霜底盤和盆栽植物墊盤等，並將積水清除。
此次颱風水患除由環保單位及國軍弟兄協助進行環境消毒外，亦請民眾自行動手清除登革熱病媒蚊孳生源。環保署表示登革熱是由埃及斑蚊和白線斑蚊所傳播，兩種蚊子幼蟲(孑孓)生長在積水容器，成蚊會將登革熱傳染給被叮咬的人，造成登革熱的流行。本年截至8月20日止，本土登革熱病例已達44例，因此請民眾立即動手清除孳生源，一起避免登革熱病媒蚊之孳生。
環保署呼籲民眾注意住宅室內及戶外周圍，是否有堆置空瓶、空罐、甕、壺、鍋、壺、冷氣接水桶、杯子、碟子、盤子、碗、破裂磁器面盆、空保麗龍盒、家畜家禽飲水槽、椰子殼、椰子葉捲、鐵桶、塑膠桶、寵物水盤、廢輪胎、廢家具、廢帆布等廢棄的容器或雜物，並請馬上動手清除。
民眾如發現屋內外已有病媒蚊孳生，需使用殺蟲劑時，環保署提醒民眾應適時適量使用，並應選用環保署審查核可的環境用藥，切勿於夜市或網路購買來路不明的環境用藥，以免對健康造成影響。相關核可的合格環境用藥可直接到環保署網頁（http://flora2.epa.gov.tw/mdc/search/search_License.aspx）查詢，進入環保署網頁（http://www.epa.gov.tw）後，點選環境衛生及用藥/環境用藥許可證照及標示查詢系統，即可查閱詳細資料。