環保署為提升環境保護設施工程品質，成立「工程品質查核小組」，積極輔導及查核全國環保設施工程，由主管機關、主辦單位及承包商，做好自主檢查的三級品質管制制度，本年度已完成33場工程品質查核，其中甲等占57﹪，乙等占43﹪。對於所發現之缺失，均要求限期改善並辦理複查。
環保署自辦或補助地方政府辦理的環保設施工程包括：「垃圾資源回收(焚化)廠興建工程計畫」、「垃圾處理後續計畫」、「廚餘回收再利用計畫」、「巨大廢棄物回收再利用計畫」、「河川污染防治－水質淨化改善工程」、「大林蒲填海計畫（南星計畫）中程計畫」、「推動都市綠化及空氣品質淨化區設置計畫」等，為確保這些環保設施工程的施工品質，該署自93年起成立「工程品質查核小組」，對於自辦工程及補助型工程計畫分別辦理工程查核工作，以督導工程主管機關、主辦機關及承包商確實依據該署要求的工程三級品質管理機制確實執行。這些機制包括工程施作前提供工程主辦機關合約規範查核確認表，以確認合約規定符合政府採購法等相關規定；施工階段追蹤並定期申報管控工程執行進度，配合不定期或無預警之工程施工品質查核及輔導追蹤改善機制，督促改善工程缺失，以達到品質要求。
環保署表示為持續加強工程品質查核工作，將建立工程施工查核小組標準作業程序、講習訓練查核委員專業技能、辦理工程查核觀摩與實作，以建置中央與地方「平時督導、事前輔導、確實稽核、積極改善及後續追蹤」之工程查核互動平台，進一步落實環保設施工程品質管制制度，提供民眾更優良的環保設施。