環保署為讓民眾瞭解台灣河川生態及判斷目前水質遭受污染的程度，最近發展出一套以「魚兒是否水中游」的情境來評估河川水質是否已有改善。
由於台灣河川魚類相與國外河川的魚並不相同，因此環保署特別彙整自民國82年以來歷年的調查資料，將台灣河川現有二百多種淡水魚依其耐污染的程度，篩選出十五種魚類並區分為五個等級，來作為河川相對污染的指標。例如，鯝魚不耐污染，只能生存乾淨的水域，顯示該河川「未受污染」；反之，如出現吳郭魚、大眼海鰱等魚種則代表河川水質已「嚴重污染。
根據環保署在去（92）年對於大甲溪等七條河川作兩次河川魚類的調查結果，發現其中以大甲溪的水質最好，烏溪、蘭陽溪、後龍溪及八掌溪等河川水質尚可，而鳳山溪及鹽水溪水質則相對仍有改善的空間。此外，更發現台灣河川的外來魚種已有逐漸增加的趨勢。環保署研究人員並在鹽水溪的千鳥橋、後龍溪的北勢大橋、大甲溪的大甲溪橋等處，共採獲三星攀鱸、泰國鱧魚、雜種吳郭魚、吉利吳郭魚及琵琶鼠等五種外來魚種。通常這些外來魚種因繁殖力及適應污染能力較強，而能存活於台灣河川，並逐漸危及本地魚種如溪哥、石賓的生存環境。今後外來魚種的引進及放生，值得漁政主管單位加強管理。
環保署表示；魚類是水中生態系中大型且肉眼可見的生物。因此世界各國皆喜用水中是否有各種魚兒悠游其間作為河川是否遭受長期污染的一種生物指標。例如英國泰晤氏河管理當局，常以不耐污染的鮭魚又回到泰晤氏河做為該河整治成功的重要生物指標。美國卡荷加河(Cuyahoga River)及新加坡河川整治成功後成果監測，除了注意水質改善外，也考慮到河川生態環境上的績效，魚即是其中主要監測對象。
依據以往調查紀錄顯示，台灣河川的淡水魚至少有200種，有些魚種受到長期海島地理隔絕而演化為特有的品種。例如高身鯝魚、台灣石賓、陳氏鰍鮀等皆為台灣特有魚種。鑑於良好的河川環境，不但可孕育多樣化的魚種，且可作為反應河川污染的生物指標。因此，環保署在大力整治河川污染改善的同時，也將繼續針對台灣地區主要河川進行魚類相監測評估，並建立河川基本資料庫，以作為台灣地區日後河川整治改善後的對照。