二仁溪魚群重現蹤跡了! 駐足舊二層行橋上，看到了魚群在陽光下閃閃發亮，偶有跳動的魚兒跳出水面，給了驚喜。環保署指出，從97年5月至98年4月，完成5次生態調查，共記錄了魚類25種1,799隻、蝦蟹類19種248隻，其中魚種及個體數量明顯較2002年僅5種89隻有相當幅度增加。
環保署表示，二仁溪已逐步達成94年11月14日張前署長國龍、水利署、台南市、台南縣及高雄縣縣市長共同簽署之二仁溪再生願景約定書「水質清澈魚兒重現」、「守望相助杜絕污染」、「河岸面清潔無垃圾」及「開創親水空間」的願景。
二仁溪污染整治自90年啟動拆除沿岸違法熔煉業，歷經中央及地方政府共同努力，以及在地環保團體河川巡守的致力關懷，水質逐漸改善。經長期關懷二仁溪的環保團體及學校合作調查觀測二仁溪下游生態變化，二仁溪的魚種及數量不僅增加了，還觀測到許久不見的烏仔、加網、紅花、突鼻仔、金錢仔等，更首度出現列為輕度污染生態指標的三角仔、金錢仔等3種鰏科魚種，中度污染指標的魚種有增多的趨勢，較91年調查僅出現少量嚴重污染指標的物種斑海鯰、豆仔魚、大眼海鰱等耐污性魚種及少數的彈塗魚、虱目魚比較起來，二仁溪水質逐漸進步當中。
參與本調查計畫的舢筏協會蘇水龍會長表示，由於水質不佳，生態環境惡劣，早年出入二仁溪的舢筏底部一片光溜溜，和乾淨河川的船底總是長滿貝類的情形有極大的差異。但近兩年來，二仁溪舢筏船底又開始附著藤壺，對照這次生態調查結果，顯示二仁溪的生機開始回復了，實在是一件令人欣喜的消息。
環保署表示，二仁溪嚴重污染長度河段比自92年的100%降至96年的35.3%，97年更降至21.9%，水質已有相當程度的提昇。就河川水質指標（WQI）分析，水質亦有明顯改善的趨勢。
因二仁溪污染整治有成，魚兒回來了，目前部分河岸親水設施積極辦理中，預定於今年8月由中央及地方政府聯合主辦親水活動。環保署表示，97年辦理完成加強污染源稽查管制稽查1072家次，處分1026萬元，於源頭減少污染的排放；另於五空橋及港尾溝溪附近各設置20公尺及30公尺攔污柵網清除河岸面垃圾並定期清除河岸面垃圾；並利用虎尾寮污水處理廠餘裕量每日截流處理三爺溪10000公噸，以減少污染的排放；更有16隊約270人的河川巡守隊員不定期巡守守護著二仁溪。
環保署更進一步表示，為使二仁溪不缺氧、不發臭及水岸活化，將加速推動二仁溪更進一步整治計畫。二仁溪仍有部分河段嚴重污染，如上游古亭橋、二層橋、中游石安橋及三爺溪，將列為重點整治河段，包括定期辦理二仁溪污染整治推動小組、協調內政部營建署加速仁德、歸仁等污水下水道及污水處理廠的興建、河岸面垃圾清除、污染源稽查管制等工作。