為加強包裝與盛裝飲用水水源水質管理工作及確保民眾飲用水安全，行政院環境保護署除已訂定專案稽查管制計畫，請縣市環保機關加強辦理水源水質管理工作，並完成包裝及盛裝飲用水管理資訊化工作，建立業者相關基本資料並建檔以利追蹤管理外，對於以地面及地下水為水源之業者加強稽查其水源水質，並釐清與建立上游水源業者與中下游各加水站之聯結關係，有效掌握稽查對象。因包盛裝飲用水業者之管理尚涉及衛生、稅捐、警察、水利及建管等主管機關，需建立相關機關聯繫管道或以聯合稽查方式，查察其販售水質與產品廣告標示、繳稅情形、妨害交通、違章、水權登記、工廠登記等是否有其他不法行為，方可達全面管理功效。
目前各縣市環保機關建立之包裝及盛裝飲用水水源之列管家數為二百一十五家，其中以自來水為水源之業者一百二十三家，非自來水水源業者，包括地面及地下水源之業者計九十二家；盛裝水站（加水站）列管三千九百三十五家，其中自來水為水源之業者八百八十六家，非自來水水源業者計三千零四十九家。經各縣市環保機關積極稽查結果，九十一年一至十二月共查訪三千九百八十家次，其中包括水源業者八百零九家次，盛裝水業者三千一百七十一站次。水源業者中，以自來水為水源者，計稽查三百零四家次，非以自來水為水源業者，計稽查五百零五家次；而盛裝水站稽查結果，以自來水為水源之盛裝水站計一千零七站次，以其他地面或地下水為水源之盛裝水站則為二千一百六十四站次。
因自來水源業者其水源水質已符飲用水水質標準，故取用地面或地下水源之非自來水水源業者為本項工作查察重點。在八百零九家次稽查中，經檢驗水源水質者為二百七十七次，其中二百六十八次合格，九家次不合格，不合格項目包括濁度、大腸桿菌群、氨氮、硝酸鹽氮等。鑑於水源水質合格不代表成品水質合格，已請地方環保機關將稽查成果函知當地衛生單位依「食品衛生管理法」加強成品水質管理，以維民眾購用包盛裝飲用水安全。
目前市面上常見各類盛裝水投幣式加水站之設置，其變動性大，且現場常無管理人員，不易查證其水源，部分不肖業者借此逃避水源水質或成品水質之查驗，甚有以自來水源混充山泉水源名義販賣。其水源水質係由環保單位依「飲用水管理條例」規定管理；其容器、包裝、製造過程、廣告、水質則依「食品衛生管理法」之規定，由衛生單位主政。依「飲用水管理條例」規定，對於水源水質不符合「飲用水水源水質標準」之包裝或盛裝水業者，可處新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰，並通知禁止作為飲用水水源，如不遵行者，可處一年以下有期徒刑、拘役，得併科新臺幣六萬元以下罰金。
環保署環境督察總隊表示，各級環保單位已加強稽查管制包裝及盛裝飲用水水源水質，特此呼籲包裝水及盛裝水業者本商業道德，不要心存僥倖，需自行定期辦理水源水質檢驗工作，不取用未符合「飲用水水源水質標準」之水源，而購水民眾更應睜大眼睛，於購買包裝或盛裝飲用水時，需注意其水源出處及水源水質是否符合「飲用水水源水質標準」，尤其是盛裝水加水站之成品水質是否符合食品衛生標準規定，不要購買水源不明、水源水質及成品水質不符規定之盛裝飲用水。民眾對包裝或盛裝飲用水水源水質若有疑問可向當地環保局查詢或上該署網站查詢（http://www.epa.gov.tw/j/drinkwater/）。