行政院環保署為推動土壤及地下水污染調查及整治工作，並配合土壤及地下水污染整治基金應用範疇擴大，檢討現行徵收制度，同時擴大其徵收規模，於100年3月7日修正發布「土壤及地下水污染整治費收費辦法」，納入鋼鐵冶煉業、電力供應業等15個行業別（詳如附表），近3,000家事業為第1階段徵收對象，預計1年可增加2.7億元污染整治費（增加36.7%），自100年7月1日開始施行。
環保署表示，為整治國內土壤及地下水不明污染場址，於91年起開徵土壤及地下水污染整治費（以下簡稱土污整治費），至99年底共徵收約61億元，其中石化業占9成以上。惟經審視國內諸多不明污染場址皆因過去廢棄物非法棄置造成，為使徵收制度更為公平合理，本次修法將污染場址常見重金屬污染物鎳、銅及15個行業別之廢棄物納入徵收對象，並依廢棄物處理風險程度訂定不同收費費率。
土污整治費徵收屬財源籌措機制，為特別公課，性質為非污染者付費(污染行為人逕依土壤及地下水污染整治法規定負整治責任)。開徵初期，考量業者輸入化學物質過剩再行出口，非國內使用產生污染，為減輕業者負擔，爰有出口退費機制。惟現行申請國內產製出口退費占徵收比例有逐年增加之趨勢，且產製過程中仍有污染風險；另進口物質於國內貯存及運輸亦有風險存在，故為回歸原立法之精神，整體檢討現行制度後，取消國內產製出口退費，並規範進口物質未使用完畢出口後，方可申請退費，其比例依實質風險調整為70%(原95%)，並同時檢討原有徵收化學物質費率。
另為鼓勵業者投資土水污染預防設施及投保環境責任險，本次修法合併工程及保險退費上限最高為25%(原工程退費為20%，保險退費為5%)，以提高業者投資意願。
本辦法於本次徵收4年後將視基金實際收支、場址調查、整治及污染管制標準修訂等情形，再行檢討並調整其徵收物種、徵收行業別及費率，以符合公平及合理性。相關法規修正內容詳載於該署網站（http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「最新環保法規」網頁，歡迎大家上網下載參考。