環保署業於民國101年9月6日修正「空氣污染防制費收費辦法」針對空氣污染防制費申報、審查、核定及分期繳納等作業進行修訂。包括經主管機關核算後，有溢繳固定污染源（不含營建工程）空污費2,000元以上者，可選擇作為抵扣下次應繳費額之一部分或申請退還，以及調降應補繳空污費之申請分期付款門檻金額由30萬元降為10萬元，以達簡政便民目的。
環保署表示，本次主要係將主管機關歷年審查、查核所遭遇及公私場所反映之問題進行相關條文修正，以使規定更臻合理及符合實際。關於固定污染源（不含營建工程）空污費部分，為配合政府電子化及簡化申報作業，修正公私場所應全面採用網路方式申報空污費，以鼓勵業者減少紙張之使用，以及對於排放量較小的公私場所，可由每季申報申請調整為每年申報1次，以減輕業者行政作業之負擔。而對固定污染源因設備故障、維護不當等致大量排放空氣污染物者，新增應申繳空污費之規定，以督促業者強化自主管理之品質，確實掌握整體排放量。另因天然災害或不可歸責於己之事由，致公私場所無法如期申繳空污費者，新增於原因消滅後一定期間內檢具資料，報經同意者可補申繳之機制，期在兼顧情與法的情形下，協助業者完成應盡之義務，另外要求業者資料保存期限由5年延長為6年，以利主管機關查核公私場所過去5年完整申報年度相關資料，並由環保署同步明定委辦直轄市、縣（市）主管機關辦理空污費徵收作業相關事務，以利其確實掌握所屬轄內之空氣污染物排放量。
環保署表示，針對營建工程空污費部分，已修正經查獲未向主管機關申繳空污費而逕行施工者，其工期起算日之認定依據，及考量發生天然災害時，為安置災民或災區重建所需之營建工程，基於公共利益考量，新增授權直轄市、縣（市）主管機關得公告於一定期間內，免徵收該工程空污費之規定，以及增列營建業主未依規定申報、調整空污費或提供資料不完整，主管機關得逕依查驗結果核定應繳空污費之規定，以督促營建業主應自動及誠實申繳空污費;另亦新增煉油廠或進口港之成品槽，如發生成品槽內之油燃料種類成分變更時，於出槽前未重新進行檢測並申報者，環保署得逕以二倍費率核算移動源空污費之規定，以警惕業者應切實依法執行。
另原列於空氣污染防制費收費辦法之固定污染源空氣污染物排放量計算方法之相關條文及附錄，為利於業者查閱，自該辦法中刪除，另行同步公告，以供業者遵循使用；以及為使主管機關執行設備元件抽測作業及揮發性有機物排放量重新計算原則一致，亦另公告相關規定，以供主管機關遵循。
為創造永續經營之環境，環保署希望透過本次空氣污染防制費收費辦法修正，促使業者除在經濟發展上努力外，亦應善盡環保責任，以達經濟與環保雙贏的目標。相關詳細內容，可至環保署網站（網址：http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「最新環保法規」網頁查詢。