國內人工溼地自然淨化處理容量最大的「武洛溪排水（高屏溪流域）加強型人工溼地自然淨化計畫」，第一期沉澱池、礫石層及氧化塘工程已經完工，第二期工程預計九十三年底可全部完成。計畫完成後，每天可處理五萬噸武洛溪河水，每天去除一噸的有機污染量，將可有效改善高屏溪下游水質污染現況。
「武洛溪排水（高屏溪流域）加強型人工溼地自然淨化計畫」由環保署協商經濟部水利署共同執行，由水利署提供二十公頃工程用地，並負責用地取得相關費用；環保署分攤工程經費共六千七百萬元，並委請經濟部水利署第七河川局負責工程招標施作。九十二年底已完成第一期沉澱池、礫石層及氧化塘工程，九十三年將持續執行二期工程。
環保署表示，高屏溪目前主要的污染源是來自中下游的武洛溪、牛稠溪及萬丹大排等三條支流。自從九十年完成高屏溪流域養豬戶依法拆除補償計畫後，高屏溪上游的水質已可符合乙類水體分類水質標準，但是中下游河段人口密集、各類事業密布，加上污水下水道系統工程進度非一蹴可及，在污水下水道系統未完成之前，該署將繼續推動人工溼地自然淨化工法，以減輕生活污水污染河川水質現況，協助改善河川水質污染現況。
未來環保署仍將與經濟部水利署第七河川局繼續合作，分攤工程經費，利用五十公頃河川公地，改善牛稠溪水質，預計九十四年度可完成工程施作，屆時高屏溪的水質將獲得良好的改善。