有關北宜高速公路坪林行控中心開放事宜，環保署表示，該行控中心目前並未開放，應依原環境影響評估審查結果及交通部公告「國道五號石碇坪林段交通管制計畫」確實執行，該署並將加強監督，以避免貽害水源水質。
「北宜高速公路環境影響評估報告書」在80年經環保署審查通過，依照當時審查結果，坪林地區係設置交通管理中心及提供快速救護或緊急疏散之車輛專用匝道，嗣後在內政部都市計畫審議時，確定為「坪林行控中心專用道」，允許坪林當地居民之小客車及公務車輛通行。因此如果要將坪林行控中心開放為一般交流道，涉及原來環評審查結果的變更，依據環境影響評估法規定，交通部國工局應該提出環境影響差異分析報告送環保署審核。由於坪林行控中心位屬台北水源特定區，如開放為一般交流道，對於水源水質衝擊必須審慎評估，且必須有相關配套措施。環保署表示，本案環境影響差異分析報告經環評委員、專家學者、相關機關、坪林鄉公所及鄉代會等多次審查，在今年1月17日專案小組初審會議獲致結論，包括﹙一﹚本案名稱修改為「北宜高速公路坪林行控中心開放供外來旅客﹙每日最多四千車次﹚環境影響差異分析報告」、﹙二﹚本案應於北宜高速公路全線通車後始可開放，並請開發單位補充相關資料，包括外來車輛管控方式、非點源污染管制計畫及時程、土地使用相關管制…等，經委員及專家學者確認後，提該署環評委員會討論。
環保署表示，本案環境影響差異分析報告目前尚未審核通過，北宜高速公路石碇坪林段通車，仍應依原環評及都市計畫「坪林行控中心專用道」許可範圍內，僅供坪林當地居民之小客車及公務車輛通行。交通部也在94年2月22日公告「國道五號石碇坪林段交通管制計畫」，明定管制方式及通行證發放對象。有關目前通行證發放情形，環保署將依環境影響評估法加強監督，並於環評委員會審核本案環境影響差異分析報告時，審慎考量。