二仁溪曾經是臺灣污染最嚴重的河川之一，在各界人士的努力整治下，水質已有明顯的改善，為了記錄這段辛苦的整治歷程，環保署完成「清風淨水 回首二仁溪-二仁溪污染整治紀錄片」及「二仁溪風華再現-環境與人文變遷影像集」，將二仁溪的歷史及整治過程以紀錄片及影像圖書方式呈現，為歷史留下見證。
環保署說「清風淨水 回首二仁溪-二仁溪污染整治紀錄片」由中央大學呂理德教授團隊執行拍攝，片長45分鐘分「美麗與生機」、「污染整治拆除」，「社區參與與重生」3段落敘述二仁溪整治與重生。「二仁溪風華再現-環境與人文變遷影像集」由長榮大學從洪慶宜教授團隊執行，以歷史照片的收集，配合文字陳述，製作圖文集，讓民眾瞭解二仁溪過去及現在的風貌。
環保署表示，二仁溪早期污染主要來自生活污水、農業加工、造紙及垃圾滲出水，60年代後期至70年代新興的養豬業及廢五金業更使河川的水質更為惡化。廢五金業者利用焚燒及強酸洗廢五金，將含有高濃度重金屬的廢酸液直接排入二仁溪中，並將酸洗後的廢棄電路版就地掩埋至溪旁，使得河川污染非常嚴重。為了整治二仁溪，政府推動事業廢水管制、衛生掩埋場與垃圾焚化爐興建、廢五金專業區，並於82年全面禁止進口廢五金及90年強力拆除最後的68家非法酸洗熔煉業，斷絕污染源後，二仁溪整治終於展開了曙光。
而近5年整治二仁溪的腳步更加快進行，協調相關單位（經濟部水利署、臺南市政府及高雄市政府）清除棄置於二仁溪兩岸超過10餘萬公噸含重金屬有害事業廢棄物外，另多項整治工程皆陸續推動，包括優先開辦仁德、永康污水下水道系統、三爺溪仁德滯洪池現地處理工程（每日處理20,000公噸污染排水）、保安排水之港尾溝溪滯洪池（每日處理12,000噸污染排水）等。在民間參與方面長榮大學河川保育中心結合當地的民間團體共同協力辦理溼地認養復育、組成社區巡守隊協助通報污染源、參與二仁溪整治的願景與目標之擬訂等，這些都成為了二仁溪復育之路的重要里程碑。
環保署最後表示，經過多年的努力，二仁溪整治已見初步成效，嚴重污染河段長度已由90年100％下降至96年35％，再降至101年22％，未稍受及輕度污染河段，則由90年0％上升至96年10.9％及101年33.2％。未來環保署持續與相關中央部會、地方政府及當地民間團體與志工密切合作，改善二仁溪水質水體環境。
環保署呼籲，河川的污染改善，是一棒接一棒的工作，讓大家一起努力，才能去除二仁溪是黑龍江的污名，恢復美麗的樣貌，使後代的子孫，都能夠一齊享受二仁溪健康優美的自然環境。