為加強管制醫療廢棄物清理流向及輔導醫療院所加強管理所產出之醫療廢棄物，環保署已規定所有清運感染性醫療廢棄物清運車輛應加裝衛星定位系統，並委託學術顧問機構於日前完成一五０家醫療院所實地訪查輔導工作及南北東三場次醫療廢棄物管理座談會，以強化醫療廢棄物清理及管制體系，維護國內環境。
環保署表示，我國醫療廢棄物管理歷程，自七十六年環保署成立起至八十三年間，首先致力於於建立管理規範及籌建醫療事業廢棄物清除、處理設施容量。自八十三年至九十年初，則以輔導醫療院所落實法令規定，並逐步提升醫療廢棄物清理工作的品質。
八十九年因發生旗山溪廢溶劑非法棄置事件，行政院為加強國內事業廢棄物管理管制工作，於九十年一月核定環保署所提「全國事業廢棄物管制清理方案」，將醫療事業廢棄物整合納入管理，相關措施包括：強化源頭管理與流向追蹤、加強稽查以防止環境犯罪及非法棄置、輔導設立有害事業廢棄物處理處置設施、排除投資障礙鼓勵民間參與設置廢棄物處理場（廠）等。
截至目前，全國運作中的感染性醫療廢棄物處理設施共十九家，包括甲級處（清）理機構五家、共同處理機構四家、經濟部輔導綜合處理中心一家、醫院自設處理設施九家，合計處理量達每日一四０公噸以上，足以處理全國每日所產出的五０公噸的感染性事業廢棄物。去（九十二）年ＳＡＲＳ期間，加上醫療院所及居家隔離所產出的相關廢棄物，最多曾達每日七十五公噸，但在環保單位、衛生單位及廢棄物清除處理機構通力合作下，均能妥善加以處理，未造成疫情擴散。
環保署表示，在處理設施容量充足的同時，為確保處理過程不造成二次污染，於八十九年十月即訂定發布中小型廢棄物焚化爐戴奧辛管制及排放標準並於本（九十三）年元月起生效，且該署提前自九十一年底即開始針對醫療廢棄物焚化爐進行戴奧辛排放檢測及輔導改善工作，以促使設備老舊或不具競爭力的焚化爐淘汰，並對具有繼續營運價值的焚化爐進行改善。至目前為止，營運中的十九座醫療廢棄物焚化爐，計有十二座經檢測通過，符合九十三年戴奧辛管制及排放標準，合計處理容量達每日一０九公噸以上，足以處理國內所產生之感染性醫療廢棄物；另有七座已進行設備改善，惟檢測結果尚未確認或仍需進一步改善，環保署將持續追蹤改善情形。
環保署為確實掌握事業廢棄物流向，於八十九年十月成立事業廢棄物管制中心，持續擴大列管事業範圍，其中，規定五十床以上醫療機構應以網路申報事業廢棄物清理情形，另十床以上醫療機構則應申報事業廢棄物清理計畫書。該署並以專案方式針對事業廢棄物產出有疑似匿報、漏報、短報、申報不實或流向有疑問者，由縣市環保局及該署環境督察總隊暨所屬北、中、南三區環境督察大隊派員赴現場查察，經查核如有發現違規者，則依法告發處分。
此外，為加強醫療廢棄物清運流向管制，防止非法棄置行為發生，環保署公告凡運送感染性事業廢棄物清運車輛，均應於本（九十三）年二月二十七日前加裝衛星定位系統（ＧＰＳ），以利環保單位即時追蹤監控清運車輛行蹤。根據環保署事業廢棄物管制中心勾稽統計，全國已完成裝設ＧＰＳ之廢棄物清運車輛約八００輛，其中感染性廢棄物清運車輛佔一六四輛，環保單位可藉此即時掌握感染性廢棄物清運路線及去處。
去年九月起，環保署為深入瞭解當前醫療廢棄物清理現況，特委託學術顧問機構以三個月時間完成全國一五０家醫療院所實地訪查輔導工作，以充分掌握當前醫療事業廢棄物管理現況及醫療院所面臨的各項問題，並於今（九十三）年三月底分別於台北、台南、花蓮辦理三場次「醫療事業廢棄物清理座談會」，總計全國共有二七０名以上來自各醫療院所、環保機關及廢棄物清理與再利用業的廢棄物管理人員參與，除邀請學者專家講授醫療事業廢棄物管理實務外，並與醫療院所面對面進行意見溝通，分享醫療事業廢棄物管理經驗，有效地促進醫療院所與環保機關雙向溝通。
未來，環保署除將持續加強醫療廢棄物的管理管制工作之外，針對醫療事業廢棄物滅菌處理、減廢及再利用等議題，將持續與衛生署及相關醫療院所研商推動，以提升國內環境品質。