台灣在民國60年代酸雨情況並不顯著，各站雨水的pH值都大於5.0以上，但民國70年代雨水略顯酸化，尤其台灣北部、台南、高雄一帶雨水已逐漸有酸雨發生。因此，環保署也從民國79年開始，以酸鹼值pH小於5.0為酸雨之標準，著手進行台灣酸雨監測計畫。環保署表示，雨水酸化的現象與台灣經濟發展從農業轉型至工業，以及機動車輛快速增加有關。而從民國76年環保署成立後，也針對空氣污染物排放進行多項管制措施加以管制。從民國93年至99年雨水pH值監測資料顯示，與民國80年代相比，酸雨情況已顯著趨緩。
環保署指出，目前全國由北至南設有彭佳嶼、陽明山鞍部、台北市、中壢、宜蘭、台中、日月潭、嘉義、台南、台東成功、高雄、屏東恆春等12個酸雨監測站。從民國80年至99年間，12個酸雨測站雨水樣本pH值平均為5.02，酸雨發生機率為53 %。其中，雨水pH值：北部低於5.0，南部則在5.0以上。酸雨發生頻率：北部各站平均都高於50 %，嚴重地區如中壢站則達81 %以上，南部地區除高雄站為60%，其他均低於50 %，北部地區雨水酸化情況高於南部地區。
環保署指出，民國84年7月開始徵收空氣污染防制費，並推動多項硫氧化物及氮氧化物管制及減量措施。空氣污染指標不良（PSI>100）的站日數比率，已由84年的7.0％逐漸下降至99年的1.4 %，99年更是歷年來最佳，而大氣中硫氧化物及氮氧化物濃度也明顯下降。同時，北部雨水中致酸因子硫酸根離子也已顯著下降，顯示低硫政策能有效減緩酸雨趨勢，但硝酸根離子改善並不明顯，主要原因為受到機動車輛仍逐年增加，移動源排放的氮氧化物總數量也增加的影響。經研析，北部酸雨除本土污染源排放污染物造成，仍受到境外傳輸影響，尤其是秋冬季節東北季風迎風面關係，受到境外傳輸更為明顯，使南台灣酸雨監測結果較北部輕微。
環保署進一步說明，該署近年來推動多項硫氧化物及氮氧化物管制措施。在固定污染源方面，除訂定「固定污染源空氣污染物排放標準」，針對SOx及NOx排放濃度限值之一般行業訂定管制標準之外，也針對電力業、玻璃業、鋼鐵燒結及一般廢棄物焚化爐等行業加嚴標準。此外，也對排放SOx及NOx之固定污染源徵收空氣污染防制費，促使污染源進行自主減量。在移動污染源方面，除了逐期加嚴機動車輛排放空氣污染物標準之外，並以管制油品之含硫量方式，在98年7月29日發布「車用汽柴油成分管制標準」，規定在100年7月1日及101年1月1日起陸續降低柴油及汽油硫含量至10ppm。而在民國89年至99年9月之間，也針對油品輸入製造販賣者依含硫分不同分級徵收空污費，促使污染源加速進行改善。
有關酸雨監測和防制後續工作，環保署說，在酸雨監測方面，該署於竹苗地區及雲林地區各增設1站，使酸雨監測網更加完整。其次，在空氣污染物管制方面，環保署業已規劃完成「台灣清淨空氣計畫-近程執行方案」，於民國101年至105年間，透過加嚴行政管制及提供經濟誘因制度，督導地方政府落實空氣污染防制計畫，促使污染源進行減量措施，預估至民國105年，硫氧化物年排放量及氮氧化物年排放量相較於96年之排放量可分別削減6％及8％。而針對機動車輛排放氮氧化物減量部分，則配合行政院推動低碳家園政策，全力推廣使用電動車，減少車輛排氣的污染。在本土數量極大的機車方面，該署已於100年6月14日公告「電動機車電池交換費用補助辦法」及「電動機車電池交換系統補助辦法」，藉由補助經審核通過具有營運技術能力之法人團體設置電動機車電池交換系統及補助電動機車使用者電池交換所需費用，以改善傳統機車造成空氣情形。前述措施將對酸雨的改善有很大助益。
環保署最後指出，由於酸雨為衍生性污染物且具有跨區域影響的特性，涉及層面廣泛，目前我國既有的酸雨監測網，除了已和聯合國環境規劃署東亞酸雨監測網交流合作，進行資料分析交換之外，也和東南亞國家進行多邊合作，並受到聯合國降水化學監測網品保中心邀請，在99年10月正式納入全球資料交換與品保品管系統，提供彭佳嶼站與成功站資料作為環西太平洋背景參考值，未來將持續監測雨水中化學成分，並透過學術及政府等單位積極參與東亞及兩岸酸雨之空氣污染物長程傳輸研究，建立更完整的長期酸雨監測資料，共同致力於酸雨防制工作。