高屏溪流域飼養二百頭以上養豬場設置廢水處理設備普及率雖已達90﹪以上，但是否有效處理廢水，取決於養豬場廢水處理設備開機率。放流水尤其以畜牧業最密集之武洛溪流域，迭有民眾陳情養豬廢水污染情形，為此環保署環境督察總隊南區環境督察大隊特於97年8月7、8日會同屏東縣環境保護局以不預警、大規模方式執行聯合稽查行動。
本次聯合稽查，環保署及屏東縣環境保護局鎖定經常被陳情及廢水處理設備未開機之畜牧場展開查緝。該二日計動員8個車組及30位稽查人力，共稽查53家事業；採集18場次放流水樣送驗；計 2場繞流排放廢水，1場廢水收集管線疏漏，另有1場次豬糞便污泥貯存方式未符合標準，違反廢棄物清理法規定，當場告發。
據該署南區環境督察大隊表示，本次以聯合稽查方式執行污染稽查管制，已使少數心存僥倖的不肖業者有所警惕，未來大規模稽查行動仍將持續不定期辦理。環保署呼籲畜牧業者，水污染防治法已修法將畜牧業違反放流水標準之罰鍰額度，從新臺幣六萬元以上六十萬元以下調整為六千元以上十二萬元以下，相較其他業別的裁罰已算輕微，畜牧業者應基於環境及河川清淨的共同認知，發揮道德良知，妥善操作廢水處理設施，千萬別存僥倖心理，以身試法。民眾若發現有污染情事，請立即向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800-066666），環保單位將立即派員前往稽查遏止污染。