行政院環境保護署向亟重視輿情反映，為廣納各界意見及加強為民服務，特於本署網站(http://www.epa.gov.tw)民意交流項下設置民意信箱及陳情報案系統，方便民眾簡易線上發表意見及檢舉報案使用，民眾亦可利用全國通用環保報案專線(○八○○│○六六六六六)及書面方式或親至所在地環保機關當面進行陳情報案，環保署表示對於民眾個人資料均有嚴謹保密措施，故希望民眾能確實留下聯絡方式，以便稽查人員儘速回覆查處結果。
「民意信箱管理系統」係提供民眾直接上網發表對各種環保政策及業務之建言及看法或陳情重大環境污染案件，該信箱之信件來源亦涵括署長信箱及電子郵件，依信件陳述內容分由環保署各主管業務單位處理回覆。九十二年一月至六月份本署環境督察總隊處理「民意信箱管理系統」交辦案件總計七十三件，依案件性質分析，有關污染取締案件三十三件最多、提供資料二十一件次之、其他案件八件再次之；另以污染類別區分，則以廢棄物類三十件為主、空氣污染類（含惡臭）十二件次之、廚餘類十一件再次之。
環保署環境督察總隊及北、中、南區環境督察大隊始終本著「民之所怨，常在我心」的處理態度，積極主動辦理民意信箱及各類公害陳情交辦案件，特別要求處理時效均於規定期限內回覆民眾，已見成效，並獲大眾予以高度的肯定。