有關國際支援我國莫拉克颱風災後環境消毒所需的器材及藥品，環保署除表示感謝外，即刻針對有需求地區進行配送。澳洲已於8月15日提供我國40部手動式消毒器，16日該署即配送國防部化兵處39化兵群使用；該國又於8月17日再提供60部手動式消毒器，18日即配送台南縣、高雄縣及屏東縣環保局各20部使用，以支援災區環境清理消毒工作。
另災區環境清理工作一刻不能停止，因此該署自8月8日至18日除支援嘉義縣、臺南縣、臺南市、高雄縣、屏東縣及臺東縣等受災縣市提供消毒物資外，亦整合國內既有的設備資源及人力投入災區清理、清洗、消毒，包括消毒藥劑2萬1,610公升，廢棄物清理、消毒設備、洗街車、清溝車等機具之調度372部，以及調派其他未受災縣市環保支援人力610人至災區協助。
針對居家環境受災水退的地區，展開之家園清理工作，至8月18日止，已投入清除人力1萬8,984人次，已消毒面積2萬2,664公頃，垃圾清理13萬6,043公噸。對於不足之機具、專業車輛，亦繼續在徵用或租用之中。相信在政府及民眾的同心協力下，受災地區將逐漸恢復環境整潔衛生。