環保署自97年起積極推動「河川及海洋水質維護改善計畫（第2期）」以來，河川整體水質已逐步改善。依河川污染指標(RPI)計算，99年整體河川嚴重污染長度為161.4公里(占5.5％)，較92年的459.2公里(占15.8％)明顯縮短，績效卓著。
為提升都會地區民眾的生活品質，環保署於第2期計畫中，更將都會型河川之復育與整治列為執行重點，依據水體的用途、重要性、污染程度及污染來源，選定基隆市田寮河、新北市中港大排與湳仔溝、屏東縣萬年溪、高雄市鳳山溪、台中市柳川為主要改造範圍，去(99)年更將桃園縣老街溪納入，透過截流污水、引進清水及水岸活化的整治策略，達到提供優質生活環境、增加親水空間之目標。所有工程完成後，受惠人口預計可達172萬人。
環保署表示，目前已完成2條都會型河川的整治，包括高雄市鳳山溪(含支流曹公圳)及屏東市萬年溪。其中鳳山溪整治工程每日截流6萬6,000公噸污水淨化處理，並將鳳山溪污水處理廠處理後約4,000公噸放流水，回送至大東公園內人工溼地淨化後再排入曹公圳，補注曹公圳水量。而環繞鳳山古城的支流曹公圳經過整治後，呈現水岸活化及結合人文與環保概念之新風貌。原來違章林立、臭水橫流的後院，經過整治後比美日本小城，有人乾脆把大門開到河邊來，形成水岸環境軸線反轉的新風貌。
屏東市的萬年溪，整治前因水質烏黑惡臭而有「萬年臭」的稱號，更因河道加蓋工程之施作，阻礙了民眾親水空間。經過環保署補助屏東縣政府經費，運用污水截流、水源補注、自然淨化工法及河岸景觀環境營造等手段，大幅改善萬年溪水質及水域環境，魚蹤重現。原本矗立於河道中之水泥柱拆除後，搭配沿岸景觀綠美化工程，更進一步展現萬年溪整治後之新氣象。
至於其他都會型河川之整治進度方面：基隆市田寮河之主要工程包括截流管線及截流站體兩部分，於98年中開工，目前進度分別為60%及44%，可望於101年5月完工。完成後預計可截流田寮河及旭川河每日5萬8,000公噸的污水至和平島污水處理廠處理，將可改善田寮河沿岸臭味及基隆港港域水質。
新北市中港大排，主要整治工程包含污水截流及水岸環境活化，於97年10月開工，目前進度約為65%，可望於100年9月完工。完成後預計每日可截流約4萬8,000公噸的污水至八里污水處理廠處理，並利用高級處理技術將水資源回收再利用，提供中港大排新的水源，同時重新塑造2,300公尺的河廊環境，提昇新莊地區23萬人的生活品質。
新北市湳仔溝水質整體改善計畫，主要為沿湳仔溝兩岸設置截流管線截流排入湳仔溝污水，經淡水河下水道特3號污水主幹管進入八里污水廠處理，每日截流量高達15萬公噸，另4萬公噸送至堤外現地處理設施處理後放流大漢溪增加河川基流量，共計可削減1萬公斤BOD，預計本月可完成污水截流工程。本案另配合新北市執行之河道綠美化工程，藉由生態、景觀之塑造，將提供大臺北地區居民之另一休憩空間。
台中市柳川整治工程，分為2期施作，分別於99年3月及10月開工，目前進度約為31%及12%，預計100年12月完工。主要包括河道截流、薄層流及相關景觀營造等工程。完成後預計每日可截流處理2萬2,800公噸生活污水，並於原有開放式子母溝施作薄層流處理河道中之晴天污水，增設生態景觀綠帶面積。
桃園縣老街溪於去年展開整治工程之規劃細部設計作業，初步規劃於中壢、平鎮間的新勢公園興建一處礫間處理設施，將環鄉橋至延平路兩岸之晴天污水截流至該設施淨化後再排入老街溪，期望比照韓國首爾清溪川，將老街溪加蓋河段打開，搭配景觀改造工程，打造成桃園清溪川。
環保署表示，該署推動「河川水質維護改善計畫」，於去(99)年榮獲行政院國家永續發展獎行動計畫績優獎之肯定。由於第2期計畫將於今年底執行告一段落，為持續改善及維護水體環境品質，打造宜人樂活之水環境，該署已向行政院提報「水體環境水質改善及經營管理計畫」，核定後將作為101年至106年推動水體環境及水質改善之執行藍本，期更進一步提升國民生活品質及追求永續優質的水域環境。