為加速完成七二水災災區之環境清理工作，環保署於七月七日設立0800231885(您善意幫幫我)服務專線，凡災區民眾有需要環保單位清理災後廢棄物、實施定點消毒及飲用水查驗者，請撥打前述專線，環保署將迅速派員處理，該專線二十四小時專人服務。
七二水災後環境清除工作，根據環保署資料顯示，截至七月七日為止，各縣市環保單位已清除一萬七千公噸垃圾，一萬七千公噸污泥，投入清潔人力一萬一千人次，消毒面積已完成一千公頃。環保署並已提供受災縣市環保局消毒藥劑七千公升及租用清理機具經費，協助地方環保環境復原工作。針對七二水災後台中縣所產生大量垃圾，已緊急於東勢鎮及太平市設置三處垃圾暫時貯存場，今(七)日並緊急提供台中縣約五百件消毒防護衣。另外，針對交通中斷山區受災部落，已協調國軍化學兵部隊深入仁愛鄉災區進行環境消毒。
環保署表示，為全面進行七二水災災後環境衛生工作，環保署在行政院游錫堃院長指示下，特於七月六日成立「○七○二水災災後環境清理專案小組」，並邀請農委會、經濟部、教育部、內政部、交通部、國防部及衛生署等相關部會開會研商分工災後各項環境清理工作。
環保署表示，飲用水水質安全部分，自來水水質計抽驗四九三件，檢驗結果均符合飲用水水質標準。惟災後因水質濁度較高，加氯量相對增加，自來水用戶宜煮沸後開蓋再煮三分鐘。至於飲用水井或山泉水等簡易自來水用戶，飲用水應煮沸後再飲用。受損害淨水場部分，經自來水公司緊急搶救，已有埔里藍城、鹿谷及水里等三個淨水場恢復供水，環保署呼籲這些恢復供水的自來水用戶，最好先將蓄水池、水塔清潔消毒後再行使用。
另外，災後積水地方及容器易造成病媒孳生，環保署今日並緊急通令地方環保單位加強清理，並籲請民眾配合居家環境清理及消毒工作，以有效防範登革熱。