為達成改善河川水質、清淨空氣品質及促進畜牧業循環經濟等多重目標，環保署自105年起，持續推動畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用，至108年6月15日止，全國已有716家畜牧場採取畜牧糞尿資源化利用，包括558場取得沼液沼渣作為農地肥分使用同意， 91場取得農業事業廢棄物個案再利用許可及67場符合放流水標準回收澆灌植物等。施灌農地面積達2,111公頃，施灌水量每年達397萬公噸，每年施灌的氮量約858公噸，相當於台肥黑旺特5號肥料13萬4,106包。此等推動畜牧糞尿資源化利用之豐碩成果，已初步顯現出河川水質再淨化之具體成效，如：108年1月至6月平均水質與前3年同期比較河川污染指標（RPI），屏東縣東港溪隴東橋測站由中度污染改善至輕度污染、潮州大橋測站由中度污染改善至未（稍）污染及臺東縣卑南溪臺東大橋測站由輕度污染改善至未（稍）受污染。推動畜牧糞尿資源化利用，創造畜牧業、農民與水體環境等多贏效益。
對於使用沼液沼渣施灌農地的農民來說，目前回收氮肥利用量每年節省肥料錢約4,559萬元，且利用管灌及溝灌，亦節省施肥人工費用。施灌作物成效也獲得正向回饋，例如：稻子易結穗，產量增加；檸檬不易受蟲害，較為青綠；香蕉枝幹較為強壯，葉子青翠；玉米較為清甜；花生產量增加等。環保署除完成建置網路農牧媒合平台，提供畜牧業者與農民e化平台登錄沼液沼渣產量與施灌農地資料，供業者主動聯繫配對或由地方政府協助接洽外，也持續辦理農民團體媒合說明會或於農會推廣課程說明，以協助農牧媒合，擴充施灌農地。
畜牧業者實施畜牧糞尿沼液沼渣農地肥分使用，可節省廢水處理設施第三段好氧曝氣處理之操作經費（占整體操作電費之84%），且採取資源化利用之水量，無需繳納水污染防治費。環保署與地方政府合作，並引進社會資源，透過目的事業之產業團體，擴大政府服務量能及延伸服務據點，共同合作協助畜牧業者檢測沼液沼渣成分、監測土壤及地下水背景值及撰寫申請肥分使用計畫書等，並協助送農政單位審查。另已辦理256場說明會及30場觀摩會，促進畜牧業及農民瞭解政策內容、協助媒合施灌農地，加速配合政策執行。此外，為增加施灌靈活度，環保署補助地方政府購置沼液沼渣集運車輛、施灌機具及農地貯存槽，協助畜牧業順利運送沼液沼渣施灌，目前已核定補助高雄市、雲林縣、屏東縣、嘉義縣及花蓮縣等計25輛集運施灌車輛及75個農地貯存桶。為解決小規模畜牧場之人力及廢水處理專業技術不足，環保署示範補助地方政府設置資源化設備處理其他畜牧場畜牧糞尿並資源利用，目前已核定補助集中處理中心有花蓮縣1案、大場代處理小場有桃園市1案、屏東縣2案及雲林縣5案，共處理30場，計7萬9,117頭豬、697頭牛畜牧糞尿，本署補助金額新臺幣1億3,365萬元。為改善河川污染，除提供畜牧業多方協助外，環保署派員並請地方政府優先稽查河川嚴重污染河段之事業及畜牧場，促使畜牧業者妥善處理畜牧廢水，進而採資源化利用措施。
環保署為推動畜牧糞尿厭氧發酵後沼液沼渣作為農地肥分使用，依執行過程滾動檢討，四度修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，104年11月24日發布修正訂定「沼液沼渣農地肥分使用」專章，共10條，提供法源。105年10月28日發布修正擴大沼液沼渣農地肥分使用適用對象、簡化檢測項目由19項減少為11項、申請程序簡化與增加管理彈性等內容，共同擴大參與。106年12月27日發布修正簡化畜牧廢水資源化處理申請程序及申報內容，原核准肥分計畫施灌農地周界三公里範圍內，增加施灌農地者免重新申請；簡化畜牧業放流水回收再利用申報內容，節省檢測經費。108年3月8日進一步修正發布明確施灌農地定義為供作農作森林、養殖、畜牧及保育使用之土地，擴大沼液沼渣肥分使用，並採行畜牧糞尿資源化分級管理，簡化小型養豬場肥分使用申請程序，飼養豬隻20頭以上未滿200頭之既設畜牧業小型畜牧場納入廢水管理計畫申請，其中飼養豬隻100頭以上未滿200頭者，應於108年12月31日前完成核准廢水管理計畫；飼養豬隻20頭以上未滿100頭之畜牧業，應於109年12月31日前完成核准廢水管理計畫。飼養200頭豬以上之畜牧業沼液沼渣肥分使用監測頻率，依施灌性質及施灌量分三級管理。
為加速提升畜牧業較集中鄉鎮之畜牧糞尿資源化比率，環保署針對畜牧業集中區域，107年起試辦選擇雲林縣麥寮鄉與屏東縣萬巒鄉等二處推動畜牧糞尿資源化示範鄉計畫，運用親訪轄內畜牧業、產銷合作社或相關單位機關、與關鍵人士座談及提供技術輔導等方式，屏東縣萬巒鄉增加11家輔導肥分使用農地計畫或放流水澆灌植物申請中，雲林縣麥寮鄉通過資源化場家數已增加10家。108年再增加8處示範鄉，共計持續推動10處畜牧糞尿資源化示範鄉計畫，促使畜牧場分階段完成申請畜牧資源化利用，期於110年達成100%利用比率，有效改善河川水質。
為鼓勵更多畜牧業者加入沼液沼渣作為農地肥分使用的行列，環保署祭出多項對畜牧場優惠政策，包括作為資源化利用的沼渣沼液施灌量免繳納水污染防治費；推廣初期由專人全程免費協助撰寫沼液沼渣肥分使用計畫書、檢測沼液沼渣成分及土壤與地下水品質等，並且協助媒合農地及送審事宜；示範補助購置沼液沼渣集運施灌車輛及農地貯存桶；示範補助畜牧糞尿大場帶小場或集中處理等。為加速落實畜牧業循環經濟，鼓勵畜牧場及農民共襄盛舉，108年環保署持續將免費提供協助，資源有限，請有意願的畜牧場及農民趕快洽地方環保局申請。