南瑪都颱風來襲前夕，行政院環保署張署長祖恩立即指示該署成立緊急應變小組，並派員進駐中央災害應變中心，妥為應變。環保署於三日通知各縣（市）環保局依災情待命，及完成廢棄物清理、環境消毒及飲用水抽驗等相關準備工作，於風災過後立即可進行各項環境清潔及消毒工作，必要時將請求國軍部隊派員協助。
由於此次南瑪都颱風會帶來豐沛雨量，可能造成局部地區嚴重淹水情況，環保署緊急應變小組特於今（四）日上午起再以電話聯繫各縣市環保局，確認應變整備情形，各縣市回報皆已完成待命。
該署為執行颱風期間的環境整頓和廢棄物清理工作，各縣市都已使用環保署開發完成的「天然災害污染防治資訊管理系統」，上網及時通報各項人力、機具、用品及設施等相關準備情形。環保署災害應變中心除了已掌握各縣市政府準備情形之外，並要求縣市環保局針對街道、重要河川水道、低窪地區等加強垃圾及廢棄物棄置巡查並適時清理，避免因廢棄物阻塞導致淹水情況發生。環保署也要求各縣市環保局應與鄉鎮公所密切聯繫，備妥廢棄物臨時堆置場所，並掌握垃圾衛生掩埋場狀況，使災後廢棄物清理工作得以順利執行。
有關飲用水安全方面，環保署表示，本次颱風期間水源水質濁度恐會較高，自來水公司處理時需使用較多藥劑量，除消毒水味道較濃外，對人體並無影響，民眾仍然可安心飲用；如擔心消毒水味道，可將自來水放置一段時間（約半天）再煮沸飲用（用戶宜煮沸後掀蓋多煮三至五分鐘），就可減低消毒水味。因颱風後水源原水濁度增加，環保署提醒請家戶預存乾淨飲用水備用。