本署近日內部檢討時，發現98/02/06發布之「環保署因應竹縣、投縣、雲縣焚化廠仲裁結果，因勢利導以區域合作、活化再生20年節省70億」的新聞中，對於此三縣焚化廠與建商發生爭議之仲裁結果，本署以下列括弧中兩段文字所作的表示：「仲裁之結果，反而使政府節省公帑70億元」，以及「原先雲林縣林內焚化廠採BOO方式興建，20年政府應負擔約80億元，仲裁改為公有廠僅需約30億元，節省50億元利息負擔」，是錯誤的論述與結論。特發布本則新聞資料予以更正。
以雲林林內BOO焚化廠仲裁結果為例，該廠之主辦及終止契約之雲林縣政府須於九個月內分兩次付清廠商建廠所出資金約30億元，此與原來由廠商先行出資後，加計利息由中央與縣政府分擔分20年攤還，20年總計付出約80億元的金額不同。但上述30億元與80億元是不可以直接比較或相加減的資金，因此將二者相減，得出政府「節省50億元利息負擔」的結論，是錯誤的。其理由如下：BOO焚化廠之推動係因政府預算用途相互排擠，無力出資建廠，故由BOO得標廠商先行出資建廠，再由政府加計利息分20年攤還；如今蘇治芬縣長必須在九個月內分兩次付清廠商支出的建廠經費，在預算排擠情形下，勢必另行舉債籌措經費，如以相同之20年期程分年攤還，總計須攤還之金錢加計利息後會在60億元上下，如分成30年攤還，總計須攤還之金錢加計利息後會在80億元上下。上述分析可知，30億元不能直接與60億元或80億元比較，必須考量金錢的時間價值，可貸到款項的實際利息，以及資金的機會成本，另外加上自行負擔的完工成本、試車成本、因爭議而繼續掩埋垃圾所增加的掩埋場成本及垃圾外運成本等等，且必須等到確定的資金處理方式，以及事件結束後才能做完整的比較。目前並無所謂政府「節省50億元利息負擔」及更無所謂三廠合計「反而使政府節省公帑70億元」的結論可言；未來蘇治芬縣長若未能以合理的利息籌措到所需經費，反而是造成更大的公帑浪費。
2月6日發布的新聞中提及交付仲裁的三座焚化廠，結果均須由政府償付建商一定的金額。由於各廠發生爭議的背景不同，須負責籌措經費的政府機構亦不同，付費後可回收的產權或設施亦不同。新竹焚化廠的停建，係因民國95年中央環保署政策性決定減少全國焚化爐的興建總數，改成加速推動資源回收，以減少全國需處理的垃圾量。因此，新竹廠償付建商的費用，應由當年決策者中央環保署負責籌措。
去年全國清運焚化或掩埋垃圾量較民國90年減少達百分之四十以上，全國因此增加的環境效益與政府節省的整體垃圾清運處理費用，將遠大於停建各廠須償付建商仲裁結果的費用，此說明停建焚化廠，推動資源回收是正確的政策。草屯小型焚化爐係由南投縣草屯鎮公所與廠商簽約興建，環保署補助部分之操作費用。因環保署政策停建南投大型焚化廠衍生履約爭議後的仲裁結果，故環保署協助草屯鎮公所籌措經費支付建商。上述草屯及新竹案仲裁因涉及環保署停建大型焚化廠之第三人因素，地方政府與廠商仲裁費各負擔一半；反觀，雲林縣卻因蘇縣長接任後以廠商違約為由終止契約，導致爭議仲裁，致仲裁費縣府須負擔高達三分之二，廠商僅負擔三分之一。可見三案仲裁責任不同。
雲林縣政府以BOO方式推動焚化廠建設的原因，在於民國85年中央評估垃圾焚化廠可有效解決國內垃圾處理的問題，但中央財源無法一次支付龐大經費推動各縣市焚化廠建設，因此引進20年分擔財政負擔的BOO、BOT焚化廠建設工作。廠商投資興建試運轉成功後，地方政府依保證處理垃圾量，分年攤提建設成本並支付操作費用。約一半的地方政府攤提建設成本，由中央政府補助。
雲林縣林內焚化廠採BOO方式興建，已接近完成，但雲林縣政府蘇治芬縣長接任後，逕行以興建廠商涉及重大違約為由終止契約。興建廠商不服蘇縣長終止契約的理由，衍生此爭議事件的仲裁案。案經中華民國仲裁協會作出仲裁判斷，雲林縣政府應於九個月內給付興建廠商約30億元的工程款，惟已接近完成之焚化廠資產則須移轉縣府接受。依據環保署「鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠推動方案」，縣府為林內焚化廠興建工程主辦機關，蘇治芬縣長應負過失責任及本自主負責精神，自行籌措所需財源，負擔因違約而須於九個月內支付的30億元工程款。
目前蘇治芬縣長尚未依照仲裁的結果執行。仲裁判斷自97年11月底起第一階段應支付廠商的15億元費用，縣府至今仍無力支付，每天須增加給付廠商的利息約21萬元。98年6月底起，需再籌措約15億元支付廠商，合計共支付約30億元才能移轉產權，否則，仲裁判定後的第一年因利息而須增加支付的金額約1億5000萬元。長此以往，將不斷增加縣民負擔，估計20年後累計須支付的本金加利息將達約80億元。此尚未包括蘇縣長須自行負擔的未完工程、試車所需經費的籌措與利息負擔，及因爭議而繼續掩埋垃圾所增加的掩埋場成本及垃圾外運增加的成本。