本次莫拉克颱風致地勢低漥的屏東縣林邊鄉災情慘重，目前仍持續進行環境清理工作，將加速災後環境清理復原工作。
環保署表示，林邊鄉災區環境復原作業，依進度執行清理、清洗、消毒等工作。屏東縣林邊鄉十個村中，永樂村、仁和村、中林村、田厝村、崎峰村、水利村、竹林村、鎮安村等八個村之第一階段清理工作已大致完成，惟光鄰村、林邊村二村目前仍有部分地區積水未退，污泥淤塞嚴重，亟需將泥漿疏濬清除後，再展開清洗、消毒等後續工作。由於污泥之疏濬清除作業較為緩慢，目前環保署已協同國防部並整合各級政府與各界民間資源，全力投入道路清理及居家環境清潔，避免災後環境髒亂可能引起流行病，預計三日內可完成。
另位於屏東縣佳冬鄉之羌園國小，積水雖已退去，惟留下高達二公尺深之淤泥因開學在即，為避免影響學子之就學權益，環保署亦協同國防部動員清理，預計三日內完成，期使該校能如期開學，學童可以如期安全上課。又同鄉之塭子國小，積水仍未退去，一旦退去，立即展開清理工作。
環保署預期因民眾災後清理自家住宅，將有第二波拋出之廢棄物，環保署仍請各地環保局及鄉鎮清潔隊以「即丟即清」持續清理至市容完全恢復為止。