為了提昇醫療院所妥善管理醫療廢棄物的能力，環保署綜合法令規定及醫療院所常見的問題，以圖文並茂的方式編印「醫療機構事業廢棄物管理作業參考手冊」，提供各界參考使用。
環保署表示，一般民眾往往認為，醫院所產生廢棄物都是危險的感染性廢棄物，但事實並非如此。依照世界衛生組織（WHO）與聯合國環境規劃署（UNEP）的研究指出，大約只有10％~15％的醫院廢棄物需以較高規格處理，其它廢棄物性質則接近家庭垃圾，甚至可以經由回收再利用減少資源耗竭。
為了提昇醫院對於醫療廢棄物管理的正確認知，環保署於93、94年都曾出版參考手冊提供醫療院所參考。配合95年底開始，環保署陸續修訂廢棄物管理相關法令規定，包括「有害事業廢棄物認定標準」及「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」當中與醫療廢棄物有關的條文都有調整，因此環保署特別將最新法令規定當中與醫療院所相關的部分加以節錄，並參考最近二年醫院較常提出的問題，重新編印97年版醫療機構事業廢棄物管理作業參考手冊，以方便醫療院所廢棄物管理人員快速翻閱查詢相關規定，妥善管理醫療廢棄物。
除了將法令重點整理、圖文並茂加以說明之外，新版手冊還收錄其他和醫院運作管理廢棄物有關的資訊，包括院內執行廢棄物管理應有組織架構、教育訓練、設備維護等諸多效率提昇建議，可提供醫院作為檢視現有管理系統的參考。
環保署希望能透過新版手冊的發行，協助醫院減少辦理廢棄物管理工作時遭遇到的困難，提供常見問題的解答，環保署除了將新版手冊分送給全國各大醫院、醫事團體及醫療廢棄物業者，也同時提供電子檔供各界下載（網址http://wm.epa.gov.tw/medicalwaste/index1.html），歡迎多加利用。