環保署為改善河川水體水質，執行河川湖泊水質淨化工程，93年度特別補助花蓮縣政府執行「鯉魚潭水庫水質淨化工程第一期試驗計畫」，試驗計畫包括人工溼地生態教室之設置及試驗型人工浮島設置，藉此改善鯉魚潭水質優養化現象，整體試驗計畫於94年元月底完成，94年春節期間更吸引13萬人次遊客前往鯉魚潭人工溼地觀賞。
環保署表示，鯉魚潭人工濕地場址位於潭南遊艇碼頭及停車場之間，場址鄰台九丙線，採開放水面式生態濕地型式(FWS型)，最大處理水量350CMD，面積約0.354公頃，將鯉魚潭鄰近商家、住家級觀光遊客之生活污水導入後，經油脂浮除機去除油脂後，利用重力流經過濾密植區、處理密植區及開放水面區後放流入潭，對於生化需氧量(BOD5)、懸浮固體物(SS)、總磷(T-P)及氨氮(NH3-N)等污染物有較佳去除效率。
試驗型人工浮島施放場址位於玉山神學院對面，距鯉魚潭風景管理區服務中心約200公尺處，浮島面積約100平方公尺，處理水量為40CMD，利用浮田板、帆布水槽及植物水耕自然淨化方式，建構封閉式處理系統，將生活污水導入系統內，利用植栽根系旺盛之水生植物，藉此以削減污水中之營養鹽。
環保署說，在污水處理設施及下水道系統尚未興建及普及地區，可藉由人工溼地系統協助解決部分生活污水水質問題，對於河川、湖泊水質之改善小有幫助；另外對於湖泊水庫優養化及藻華問題，除了將強管制非點源污染之管制及限制土地利用外，利用人工浮島植栽水生根系旺盛之植物，吸取植物所需之營養鹽-氮與磷，對於湖泊、水庫營養鹽之去除，也是水質淨化之另一種不可忽視之天然妙方。