艾利颱風造成台北縣三重、新莊、新竹市等多數地區淹水，環保署為儘速協助地方政府儘速完成地區環境復原工作，特於今(26)日邀集直轄市及各縣市環保局長召開會議，請地方環保機關儘速於水退後一至二天內完成環境清理及消毒工作。該署將傾全力協助淹水地區環境清理工作，地方環保機關若有需要國軍部隊人力協助，將透過中央災害防救會報協調機制，請國軍兵力協助環境復原工作。
根據環保署資料顯示，截至8月26日為止，地方環保機關已動員4052人次、清理垃圾量3892公噸、清理污泥量1598公噸，目前仍持續全力清理中。該署張署長祖恩及蔡副署長丁貴分別於8月25日晚間親至本次災情嚴重之台北縣三重市及新莊市淹水地區現勘，由於淹水面積達60個里以上，已產生大量垃圾，該署協助規劃在三重市龍門路及新莊市建安路設置垃圾臨時堆置場並協助調度民間機具設備，以期儘速完成環境復原工作。
有關新竹市及台北縣新莊市淹水區域，將於8月26日完成環境清理工作。另台北縣三重市已於8月25日下午起由國軍500人及清潔隊員分成18個工作小組，每組搭配二台鏟裝機及二台卡車展開清理，第一階段淹水地區主要幹道預定於8月26日清理完畢。該署並依需求提供2,800公升消毒藥劑予台北縣、新竹縣使用；截至8月26日為止，計已完成環境消毒面積14公頃。同時該署已通知地方環保機關，若有環境消毒經費的補助需求，該署將核實予以補助。
為了確保飲用水安全，環保署已督促地方環保機關加強飲用水水質的抽驗工作。累計至目前為止，各地方環保機關及自來水事業單位計抽驗106件均合格，民眾可安心飲用。環保署呼籲受災地區民眾，飲用水應先煮沸後再行飲用，以確保安全，或暫時飲用包裝水。
環保署提醒民眾，災後因原水中濁度增高，自來水加氯量相對增加將使水中消毒水味較平時重，用戶宜先煮沸後掀蓋多煮三至五分鐘，以降低消毒水味道。
環保署並籲請民眾對於居家環境應主動清理，配合環保、衛生機關實施家戶消毒；在淹水消退後，尤應特別注意室內外容易積水的地方及積水容器，迅速排除積水，及清除不必要之容器，以免孳生傳播登革熱之病媒蚊。