有關報載「重大開發案、環署將擋不住」乙事，環保署表示，該署一直以來，皆秉持尊重環評委員專業與落實公正、客觀、透明、獨立審查之態度，來面對每一個環境影響評估案件。絕未對任何一個案件預設「阻擋」或「不阻擋」之立場。
環保署表示，依環境影響評估法第一條所定：「為預防及減輕開發行為對環境造成不良影響，藉以達成環境保護之目的。」為該署審查案件之最高指導原則，各項開發行為是否通過審查端視其是否會對環境造成重大不良影響，而不是以意識形態或其他非專業考量等預設立場來決定。
環保署指出，環評法施行迄今已有13年，各項環評審查作業均依法令規定辦理，而環保署審查環評案件，絕無預設立場。
環保署統計，90年至迄今（96年5月）總計通過環評案件計有247件，認定不應開發者計有26件。分析其認定不應開發之理由如下：開發行為對環境具有強烈之衝擊，且為無法回復之影響。開發區位位在敏感區位，不宜開發（如水源水質水量保護區、野生動物重要棲息環境、地景地質敏感區、陡坡等）。開發單位所提規劃配置內容及環境維護計畫未臻完善。開發計畫內容牴觸相關法令規定…等。而本屆環評委員自94年9月迄今，總計通過環評案件計有31件，認定不應開發者計有6件。分析其認定不應開發之理由如下：開發行為對環境具重大不利影響。開發區位位在敏感區位，不宜開發（如斷層、國家公園、陡坡等）。開發單位之規劃、替代方案不明確等。
環保署表示，有關環境影響評估審查工作，係屬環境影響評估審查委員會權責。近來幾項重大開發案環境影響評估尚未能審查通過，引起各界對於審查時程及結果之關注。為兼顧審查品質與審查效率，該署將就下列事項積極辦理：（一）確立環境影響評估審查委員會專家學者委員的專業領域，以作為遴聘之依循。（二）改善專案小組初審作業，新進之案件如屬性質單純、爭議性較小者，擬採書面徵詢委員、專家學者及相關機關意見後逕提委員會討論，以減少新舊案之累積。（三）加強與目的事業主管機關溝通，強化上位計畫功能及政策環評之實施。（四）提升環境影響評估書件品質，減少退補件作業所需時程。