屏東縣新園鄉赤山巖於85年間，被運泰公司非法棄置有害事業廢棄物計有含重金屬污泥38,000公噸及8,238公噸含汞污泥。其中之38,000公噸重金屬污泥已於91年8月順利完成清除處理，其餘之8,238公噸含汞污泥，環保署除緊急清理現場，以373只貨櫃、891包太空包裝置，以防止環境污染擴大外，並協助屏東縣政府追查責任及設法向污染者求償政府所支出之費用。
環保署表示，屏東縣政府於89年間對台塑公司執行行政處分，惟台塑公司不服，依法提起行政訴訟。高雄高等行政法院審理本案時認為，廠商已遵照當時之廢棄物清理法規定，將廢棄物委託合法處理業者代處理，而廢棄物清理法有關廠商連帶責任之規定係於88年7月法律修訂時增列，因此能否溯及既往，適用於修法前發生之案例頗有疑義。本案之發生係因為運泰公司非法棄置事業廢棄物，而屏東縣政府與台塑公司雙方均有應負責之處。因此承審法官經前後7次開庭均一再諭知，雙方對於事實認定有爭議，為減少行政成本，並達環保公益之目的及儘速解決本案造成環境問題之原則下，建議兩造應參酌行政程序法第136條規定，於事實不明時，進行和解。
92年8月15日，高雄高等行政法院召開台塑公司與屏東縣政府間廢棄物清理法事件之第7次和解程序庭，屏東縣政府與台塑公司就赤山巖汞污泥案達成和解協議，由台塑公司仁武廠進行熱處理。
環保署表示，本案汞污泥之處理經費，如送國外處理約需新台幣5億元，如於國內專案設廠處理亦需4億元；如利用台塑公司原處理由柬埔寨運回之汞污泥而專案設置之熱處理設備及專案組訓之操作專業人力為最具效率，也是對國家、社會最為有利之方式。台塑公司原本堅持之熱處理費用含設備及操作經費為2億7,500萬元，經環保署核算及承審法官之建議，最後以9,000萬元達成和解。而該9,000萬元是含該署沒入台塑公司處理運回柬埔寨汞污泥案之保證金5,000萬元，所以政府實際支出該批汞污泥熱處理之費用為4,000萬元。
環保署表示，台塑公司仁武廠之汞污泥熱處理設備為目前國內僅有之專為汞污泥處理而設置者，並由台塑公司提送處理計畫書及試俥計畫送高雄縣政府完成相關法定程序，由該廠處理乃是最專業、節省成本的做法。環保署進一步說明本案係使用處理自柬埔寨運回之汞污泥處理之同一設施、程序、模式，並已組監督小組，訂定監督準則，另依廢棄物清理法相關規定，由台塑公司提報處理計畫書，亦經環保署93年5月5日同意。93年6月3日於該署南區環境督察大隊、93年9月24日於高雄縣政府環保局及95年7月10日於仁武鄉公所召開之歷次座談協商會議，已詳細說明本案之始末及處理過程。
該批汞污泥於本（8）月9日凌晨2時30分開始清運2貨櫃約30公噸進入台塑公司仁武廠，清運過程遭遇仁武廠廠區附近民眾約30餘人圍堵，在高雄縣警力協助下排除抗爭，環保署表示，將持續與民眾溝通，並呼籲民眾保持理性態度。