有關部分環評委員建議環評案件撰寫應由開發單位繳費予環保署，再由環保署以公開招標方式辦理乙事，環保署表示，現行環評案件係由開發單位自行委託顧問公司辦理，依據環評法第17條規定，開發單位應依環境影響說明書、評估書所載內容及審查結論，切實執行；另環保主管機關及目的事業主管機關並依環評法第18條規定辦理監督、追蹤，亦即開發單位須負起履行環境影響評估承諾事項之責任，違反者依環評法規定辦理。
環保署表示，環評書件如改由環保單位以公開招標方式辦理，一方面行政作業增加，恐將增加行政人力，另一方面投標對象水準參差不齊，學術單位恐裹足不前，或得標之顧問公司，未必能掌握開發單位之規劃內容。而開發單位依環評法須負履行環評承諾之義務，如顧問公司係由環保單位公開招標，開發單位與顧問公司間如互動不良，不同意或不認同顧問公司所製作之書件，將易導致開發單位無法依據環評法第17條規定切實執行，或易產生訴訟紛爭。
環保署表示，我國環評法於83年12月30日公布施行，對於開發行為之評估、審查及監督等均有明文規定，環評審查均秉持公平、公正、公開辦理，對於審查中之環境影響評估案件，行政院並沒有任何預設立場，有關「國光石化科技園區」、「台塑大煉鋼廠」、「彰工火力發電廠」等重大投資案之環評書件，刻正由該署依法進行審查中，環評審查係為公開、透明、獨立之審查機制，絕無政治力介入。
環保署表示，為健全環境影響評估制度，依據95年召開之「國家永續發展會議」及「台灣經濟永續發展會議」之共識結論與共同意見，該署已積極檢討修正環境影響評估制度，包括改進環境影響委員會運作，強化目的事業主管機關功能、加強環評審件資料之正確性、加強環境影響評估民眾參與及資訊公開以及擴大實施政策環境影響評估等，以加強維護生態環境，促進永續發展。