為維護水源保護區飲用水水源水質的潔淨，行政院於八十七年十二月間核定「飲用水水源水質保護綱要計畫║高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分」，其中自八十九年間推動受理養豬戶拆除補償申請，並於九十年執行養豬戶拆除工作。執行過程歷經部分養豬戶為爭取更高的補償費而不斷陳情，以及自來水法修正、保護區解縮編、部分養豬戶因考量經濟不景氣生計困難而不願配合申辦，或因補償費未如預期致申辦後不願拆除而續養等問題，致九十年十月底仍有三七六場養豬戶未拆除，畜養豬隻頭數高達一０四、七二五頭。
環保署表示；為督促養豬戶加速執行拆除，於九十年十月二十三日在高雄鳳山成立前進指揮所，協同相關縣市環保局採全面清查、建檔列管、加強稽查、積極勸導多管齊下方式，期能達到全面停養目標。經持續稽查及逐戶勸導後至九十一年一月三十一日止，大部分養豬戶已陸續減養，分批出清豬隻，畜養戶數已由三七六場降為二五三場，養豬頭數由十萬多頭驟降為八千餘頭。目前前進指揮所分類畜養中二百頭以上七戶，一九九頭至二十頭六十三戶，二十頭以下一八三戶及停養中二、四五八戶均予建檔，計有二七一四家進行列管追蹤。
環保署說；目前仍畜養的二五三場中，飼養二百頭以上者雖僅有七戶，但續養頭數將近四千三百頭，佔續養中總頭數的五成三，經本署多次進行全面勸導後，七戶養豬場已轉而同意配合逐步出清後停養，未來環保署仍將會同相關部會及地方政府針對仍續養的養豬戶執行嚴格的專案稽查，以促使全面停養，達到保護水源保護區飲用水源的目標。