環保署於民國89年12月17日發布實施「公私場所違反空氣污染防制法應處罰鍰額度裁罰準則」，明定違反空氣污染防制法各條款之罰鍰額度計算方式，供主管機關遵循。執行以來發現公私場所違規行為所得利益高於罰鍰額度上限者，裁處法定罰鍰無法達嚇阻作用。又針對改善期間不進行改善而仍有違規行為者，單以排放濃度做為惡化原則判定，不盡週全。
環保署表示，為解決現行執行問題，本次修正重點為增訂業者違反行政法上義務行為「應受責難程度」、「所生影響」及「因違反行政法上義務所得之不法利益」納入裁罰額度考量，增訂得加計不法利得，不受法定罰鍰上限之規定；並增列公私場所於主管機關命限期改善期間，未依處分書所載內容進行污染改善及控管致影響環境者，主管機關得縮短改善期限天數，以督促業者應積極改善，避免持續影響鄰近空氣品質。
環保署呼籲業者切勿心存僥倖，平日應妥善做好空氣污染防制措施，定期維護保養廠(場)內製程污染源設備及空氣污染防制設備，另於主管機關限期改善期間，應即進行汚染改善及控管，以共同維護空氣品質。