有關98年12月2日媒體報導高雄臨海工業區大改造，產值看兆，並提及廠商反映，每年繳交環保署上億元空污費，應提撥適當比例回饋工業區廠商，作為綠美化、改善污染防制設備等經費」乙事，環保署特提出釐清說明。
環保署表示依據空氣污染防制法第17條規定，中央主管機關由固定污染源所收款項60%，是撥交於固定污染源所在地方政府運用。因此，各工廠所繳空氣污染防制費中之60%，皆於繳納時由銀行自動劃解至縣市政府空污基金帳戶，完全是在地使用，回饋所在地之民眾及工業界，並無報導所指「高雄臨海工業區廠商所繳空污費，使用在北部區域居多，相對使用在南部較少，相當不合理」之情形。
環保署進一步表示徵收空污費之目的，主要係落實污染者付費之精神，透過經濟誘因，促使工廠投資裝設污染防制設備，減少空氣污染物排放，並減少應繳之空污費用，如減少空氣污染物排放量達一定規定之程度，另有折扣優惠，所以做的愈好，折扣愈多，相對繳費愈少。同時環保署發布有「公私場所固定污染源空氣污染防制設備空氣污染防制費減免辦法」，對裝設及有效操作固定污染源空氣污染防制設備的業者，透過減免固定污染源空氣污染防制費方式，減少業者空氣污染防制費的支出，以達空氣品質改善目的，提供民眾更好的生活環境品質。
空污費徵收迄今，在環保署及各地方環保局依法專款專用，並妥善運用於各項空氣污染防制工作，至今已有顯著成效。依據環保署空氣品質分析資料顯示，一般測站空氣品質指標屬不良等級比率（PSI＞100）從84年的6.1%，降至96年的4.0%，97年更降為2.9%，為近5年來最低，顯示空氣品質已有明顯改善，達到空污費徵收，促使工廠污染減量及有效改善空氣品質之成效。