有關報載指出，業者排放廢水到灌溉渠道，不符灌溉用水水質標準，卻無法可罰乙節，環保署指出，依目前法規規定，排放地面水體須符合放流水標準，排入灌溉渠道須符合灌溉用水水質標準，並非無法可管，只是相關機關管理介面需要加強。
依據「水污染防治法」規定，排放廢（污）水於地面水體者，必須符合放流水標準，環保主管機關進行業者排放水質查驗時，係以放流水標準為主，並非灌溉用水水質標準。而對於排入灌溉渠道之放流水，依據「水利法」及「台灣省灌溉事業管理規則」規定，須經水利主管機關核准始得為之，並應符合灌溉用水水質標準，如不符標準時，管理機關及主管機關應採取處理措施，必要時得限制或禁止。
另業者向環保機關申請排放許可證（文件）時，如屬排入灌溉渠道，尚須檢附渠道管理機關之同意搭排文件影本，否則環保主管機關不會同意核發排放許可證。換言之，業者排放廢水於灌溉渠道，必須先取得渠道管理機關搭排同意，環保主管機關始核發排放許可證。如渠道管理機關禁止廢（污）水排入灌溉渠道，環保主管機關將不會同意核發排入該灌溉渠道之排放許可證。
環保署指出，渠道管理機關為灌溉用水的第一線管理機關，平日應加強搭排水質管理工作，加強搭排戶排放水質查驗及渠道水質監測工作，如有發現排入灌溉渠道之水質不佳情形，管理機關及主管機關應依水利法相關規定，禁止廢（污）水排入灌溉渠道，環保主管機關亦將依法廢止排放許可證（文件），以確保灌溉用水品質。
另環保署補充表示，因灌溉水質不佳，以致農地遭受污染乙節，該署十分正視此議題。該署已擬具「農地污染之改善與預防推動方案」（草案），以整合相關單位共同投入改善工作，並將於近期內邀集相關單位研議。